南京市第九中学始建于1925年秋，法国天主教耶稣会派遣翟光朝神父来南京石鼓路天主堂，创办“上海震旦大学预科学校”，旋即迁至南京市长江路，学校只有十多位学生，学校与教会成一体，教师就是神职人员。
1927年，北伐军进驻南京，翟光朝神父因抗拒搜查被击毙，学校停办。
1929年，天主教堂重以“震旦大学法文补习班”名义恢复活动，学校实质上是一个法语专修科，招收初中以上学生，共分A、B、C、D四个班级，采用密集式教学法专教法语。
1931年，学校改名为“震旦初级中学”至1937年中日战争爆发，学校被日军飞机轰炸，又停办。
1933年 易名为南京私立震旦中学三个初中班，学生近100人国。校址设在南京碑亭巷大仑园。
1939年，为纪念意大利著名旅行家、中西方文化交流的使者，天主教传教士玛太奥·利济（汉名利玛窦），将校名改为南京利济中学。
1945年，抗日战争胜利后美帝国主义取代法帝国主义而霸占学校，恢复“震旦中学”校名，并增设“震旦中学女子部”，地址在石鼓路天主教堂（莫愁路355号）
1946年11月22日，南京震旦中学为避免与扬州震旦中学校名重复，改为南京私立弘光中学，并增设高中部。 1949年时，学校有七个班（初中4个，高中3个共163人）。
1951年5月28日，中国人民解放军南京军管制委员会发布命令，责令市公安局对破坏中央政府法令，从事反动活动的六名外籍传教士分别作出驱逐出境和限期出境的决定，同时又责令南京市文教局接办私立弘光中学，并改为“南京市第九中学”。
1959年，学校发展到34个班（初中20个班，高中14个班）当年初评为江苏省重点中学。
1960年5月初，被评为全国教育系统，社会主义建设先进单位，出席全国文教群英会。60年代曾有十几名优秀毕业生被清华、北大录取。
1968年12月，南京市革委会决定将学校下放到栖霞区八卦洲办学，并将南京市二十五中搬至九中校址办学。
1974年，延安中学并入二十五中。
1979年，南京市革委会，批准在原南京九中校址恢复“南京市第九中学”，撤消二十五中校名。学校当时有52个班，高中27个班，初中25个班。
1984年，学校被市委、市政府命名为南京市社会主义精神文明建设先进单位。
1985年，学校被市教育局命名为文明学校。
1986年，学校被南京市玄武区政府命名为文明单位。
1995年，南京市政府批准南京市第九中学为东南大学附属中学。
2002年7月，南京市新宁中学初中部并入南京九中，命名为南京市东南中学，为“南京九中北校区”。
2004年7月，南京理工大学附属中学并入该校，命名为南京九中震旦校区。
2005年7月，南京市在银城东苑新建一所初级中学交给南京九中办学，命名为南京九中弘光校区。
2011年8月，南京九中、九中初中部和九中弘光校区分设，并成立了九中教育集团，弘光校区独立为南京市弘光中学。
2012年4月，南京九中长江路校区和震旦校区又进行了实质性的合并，九中高中部“一校两区”的格局正式形成。
2014年，南京九中的长江路校区为高一、高二年级，震旦校区为高三年级 。
