免疫系统中细胞因子的功能，从大的分类来看如下几种功能：
促进T细胞中的CD4T细胞向Th1、Th2细胞变化。
从B细胞向抗体生成细胞变化，再到不同类的抗体生成细胞变化。从骨髓的造血干细胞到T细胞、B细胞、巨噬细胞、嗜碱粒细胞、中性粒细胞的变化和自身增殖有关系。
与炎症的发生、抑制有关，也与淋巴细胞等的运动、肿瘤细胞的破坏等有关，可见有非常广泛的功能。各种细胞因子间相互促进或抑制，或是连锁性地工作（细胞分子的网络）。
细胞与细胞相互结合的过程，除了T细胞抗原受体的作用之外，作为承担细胞与细胞黏附浆糊任务的黏附因子的存在是令人注目的。黏附因子由于细胞黏附的方式不同而有各种型，可以分为整联蛋白族、免疫球蛋白超家族和纤维连接蛋白族。整联蛋白族是细胞与其他细胞表面物质结合的辅助物质，在细胞外的部分与对手相结合、细胞内的部分与细胞骨架相连。免疫球蛋白超家族具有与免疫球蛋白相似结构的细胞间起到黏附作用。纤维连接蛋白族，分子内有植物凝集素、细胞生长因子类似的部分，也有补体结合区。
一个淋巴细胞上有若干粘附分子。例如，T细胞和抗原呈递细胞粘附时很多粘附分子起到浆糊的作用。此黏附分子如不起作用，只有T细胞抗原受体就不发生任何反应。生成对付黏附分子的抗体就能抑制免疫反应。
在小鼠的心脏移植中黏附分子的功能充分表现出来。此时通常发生排斥反应，但向其中投入抗黏附分子抗体时，就不引起移植反应。
移植时，因细胞免疫通常引起排斥反应，而投入抗体使黏附分子一个也不起作用就能封闭了。其结果，免疫系统不起作用就防止了移植排斥反应。
在免疫系统中，抗体和T细胞的受体识别抗原，而补体将识别后的抗原最终破坏掉。
补体是由补体成分、血浆补体调节蛋白、膜补体调节蛋白及补体受体等蛋白质组成，有着精密调控机制的复杂的蛋白质反应系统。补体最初是靠病原菌和肿瘤细胞等活化，最后又担当起排除这些细胞的任务。
补体主要是利用下列三种生物活性来保护机体：一连串的链锁反应用膜攻击复合物（MAC）将细胞溶解的作用。附着在细菌等上面，有提高吞噬细胞的吞噬效率的调理素的作用。产生炎症的传递物质，使各种细胞活化。
补体系统经过两种不同的途径来活化。第一途径，病原菌等表面蛋白质与其对应的抗体结合时，此抗体吸附补体的一种成分，由此复合物将补体成分活化，这样就生成把病原菌等的孔穴打开的成分，结果把病原菌溶解了。
第二途径是病原菌自身将经典途径的途中某处活化。此外，补体的一系列的功能产生出来的分解生成物附着在排除细胞的表面上，被红细胞所识别，运送到肝和脾中处理。