顺式作用：cis-acting，同一染色体上的DNA序列直接调控其他邻近基因的表达。即DNA对DNA。
反式作用：trans-acting，DNA通过其产物（mRNA或蛋白质）间接调节基因的表达。用以描述基因元件的专有名词，如阻遏物基因与转录因子基因，它们可以影响位于不同染色体上的其他基因。这些反式作用基因通过产生能远距离作用的可扩散物质发挥功能。即DNA----Pr----DNA。
反义RNA，根据反义RNA的作用机制可将其分为3类：
一类：这类反义RNA直接作用于其靶mRNA的SD序列和/或编码区，引起翻译的直接抑制(ⅠA类)或与靶mRNA结合后引起该双链RNA分子对RNA酶Ⅲ的敏感性增加，使其降解(ⅠB类)。
二类：这类反义RNA与mRNA的SD序列的上游非编码区结合，从而抑制靶mRNA的翻译功能。其作用机制尚不完全清楚，可能是反义RNA与靶mRNA的上游序列结合后会引起核糖体结合位点区域的二级结构发生改变，因而阻止了核糖体的结合。
三类：这类反义RNA可直接抑制靶mRNA的转录。