医学上重要的抗原的医学意义：
1. 病原微生物及各种生物疫苗
刺激机体可产生抗体，临床上可通过检测抗体诊断相关的疾病；亦可将病原微生物制成疫苗，用于预防疾病。
2. 细菌外毒素和类毒素
（1）外毒素通常指对应抗体或含有这种抗体的免疫血清。它能中和相对应的外毒素的毒性作用。相当于抗体。
（2）类毒素广泛地应用于预防某些传染病。相当于疫苗，用于免疫预防接种。
3. 动物免疫血清
人工制4a-的抗毒素如破伤风抗毒素由马血清制备，对人而言，既含特异性抗体可中和毒素，又含异种动物蛋白可引起超敏反应。在应用抗毒素前应做皮试判断有无过敏现象。
4. 异嗜性抗原
引起免疫病理损伤的物质基础；借助嗜性抗原辅助临床诊断。
5. 同种异型抗原
在输血和器官移植前应进行血型鉴定或组织配型以避免发生输血反应和移植排斥反应。
6. 自身抗原
临床遇到多脏器受累，而又找不到感染或者肿瘤证据时，需要考虑到自身免疫病，而初筛自身免疫病时首先要检查的就是抗核抗体（ANA），即自身抗体的一类。
7. 肿瘤抗原
（1）肿瘤特异性抗原目前只有少数肿瘤, 如人黑色素瘤、结肠癌等肿瘤细胞表面证明有肿瘤特异性抗原存在。
（2）肿瘤相关抗原: 如病人血清中AFP 含量显著增高, 因此检查中AFP 含量, 可作为原发生性肝癌或畸胎瘤的辅助诊断。测定血清CEA, 有助于结肠癌的辅助诊断。
抗原检测的意义
（1）各种微生物及其大分子产物：用于传染病诊断、微生物的分类及鉴定以及对菌苗、疫苗的研究。
（2）生物体内各种大分子物质：包括各种血清蛋白（如各类免疫球医学教育`网搜集整理蛋白、补体的各种成分）、可溶性血型物质、多肽类激素、细胞因子及癌胚抗原等均可做为抗原进行检测。在对这些成分的生物学作用的研究以及各种疾病的诊断有重要意义。
（3）人和动物细胞的表面分子：包括细胞表面各种分化抗原（如CD抗原）、同种异型抗原（血型抗原或MHC抗原）、病毒相关抗原和肿瘤相关性情抗原等。检测这些抗原对各种细胞的分类、分化过程及功能研究、对各种与免疫有关的疾病的诊断及发病机制的研究，均有重要意义。
（4）各种半抗原物质：某些药物、激素和炎症介质等属于小分子的半抗原，可以分别将它们偶联到大分子的载体上，组成人工结合的完全抗原。用其免疫动物，制备出各种半抗原的抗体，应用于各种半抗原物质的检测，例如对某些病人在服用药物后进行血中药物浓度的监测。对运动员进行服用违禁药品的检测，都是应用半抗原检测的方法。