评估主体多元结构是保证公共部门评估有效性的一个基本原则，这是因为，任何一个行业已确定的评估主体都有自身特定的评估角度，有不可替代的比较优势，同时，具有特定身份的评估主体亦有自身难以克服的评估局限性。当然，选择评估主体必须考虑评估成本，人人参与是不现实的，公共部门评估主体结构至少应包括综合评估组织、直管领导、行政相对人、评估对象自身以及相关评估组织等。
（一）综合评估组织
综合评估组织评估的主要是传统项目的内容，如制度建设、思想建设、组织建设以及作风建设等。综合评估组织通过实地调查、听取汇报、召开座谈会的形式，以定性评估方法为主。为了防止可能出现的主观随意性，综合评估要求对评估要素尽可能地明确规范，便于操作。比如，制度建设方面规定要有工作管理制度、岗位责任制度和承诺公开制度等指标要素；政风建设方面要求体现遵纪守法、廉洁奉公、勤政为民、作风民主和诚实守信的要素内容。
此外，评估主体科学配比是综合评估有效性的一个关键点。政府内部专门监察组织的相关人员是综合评估主体的重要构成部分，监督机构依靠某种程度的权威性和广泛性来保证评估的客观公正。政府内部专门的监察组织还可以作为绩效评估的管理机构。通常，绩效评估过程需要一个专门的评估管理机构，评估管理机构不仅直接负责特定内容的评估工作，而且还是总体评估方案的设计者，各个评估主体间关系的协调者，还要负责评估信息的统计整理和加权换算工作。“通常，在整个政府机构中遵循这样一条原则：评估活动应该由一个符合评估内容的组织来进行；应该由那些不受项目发展结果影响的人们来进行。” 我国政府部门的监察组织承担效能监察的任务，效能监察就是通过一些制约性的方式手段提高政府管理绩效。
其实，政府内部专门的监察组织也可以同时担负对公共部门进行绩效评估的任务。例如，根据1978年的总监察长法案，美国已形成较为完整的联邦总监察长制度，联邦政府约有60个总监察长办公室，其中，14个内阁部门的总监察长雇佣了840000多名员工。“总监察长负责揭露政府机构中的浪费欺诈以及滥用现象，而且也负责帮助行政人员消除这些问题……而且他们的审计性质也改变了，即从传统财务审计发展到绩效审计，如今至少有60％的总监察长的审计活动是绩效审计。”
综合评估组织还必须由一些其他主体成员构成，最好是利用现有的党委组织部门的考核，人大、政协组织的考评等评估资源。综合评估组织的评估指标可以与直管领导的评估指标有所交叉，适度把握，通过相互比较和相互联系，产生共生效应。
（二）评估对象的直管领导
直管领导从总体的队伍建设、基本建设评估主体中分离出来，作为独立的评估主体，具有不可替代的优势。一般而言，评估对象的直接领导熟悉业务、熟悉下属部门的运作情况，切身体察班子素质的优劣，工作质量的高低，政令贯通的程度。直管领导的评估还可以作为一种平衡艺术，把一些在其他评估指标中难以精确反映的工作绩效相对地体现出来，以某种定性方式弥补现行定量评估的缺陷。比如，在政令畅通指标中，可以设置执行计划、完成临时任务、汇报反馈和部门协调等参考要素；在工作质量指标中，可以列入维护稳定、化解难题、应对突发事件、获得上级表彰等指标要素。
从直观的角度看，直管领导的评估较多地采用定性评估的方法，这样一种设计，潜在的隐藏着领导主观随意性和走形式的可能性，前者指一些领导根据个人的情感好恶，关系亲疏进行评估，后者指一些领导在评估时统一口径，简单打分。当评估在较大范围进行时，为了部门利益，直接领导还可能出现护短行为。而且，随着管理体制改革，管理幅度扩大，客观上，直接领导也有力所不及的地方。
为此，理想的评估系统要求设定两种制约性的措施；其一是直管领导评估指标的所含要素要尽可能清晰可比，要有一定量的可量化因素，比如各级部门、各种类型的表彰奖励等。其二是通过软件开发系统为领导评估设定一个正向分布结构，要求直管领导给下属部门的总体评估分值必须符合设定的正向分布结构，否则，软件评估系统拒绝作答。当然，具体的正向分布应该是何种比例，设计开发单位和评估部门事先要确定。
（三）公民或者行政相对人
公民，特别是评估对象的相对人作为评估主体，可以最直观地体现评估的满意特征，明确评估的价值取向，通过这样一种“使用者介入”机制，将事实与价值取向结合起来，可以增加评估模式的社会相关性。美国国家公共生产力中心主任马克·霍哲教授非常重视公民作为评估主体的作用，他认为：“只有政策制定者和市民积极主动地参与业绩评估，即参与让政府机构对他们的开支负责，对他们行动负责，对他们的承诺负责这样的评估过程，上述多重目标才能实现。”（马克·霍哲，2000）马克·霍哲教授强调，只有公民参与鉴别要评估的项目；陈述目的并界定所期望的结果，选择衡量标准或指标；设置业绩和结果（完成目标）的标准；监督结果；业绩报告；使用结果和业绩信息等评估的全过程，公共部门才能真正提高管理绩效。
当然，选择哪些公民，选择多少公民参加评估更加科学合理是需要认真设计的。毕竟公民缺乏专门的评估技术，不太了解政府的运作机制，信息获得渠道有限。公民参加评估有多种层次，诸如公民在接受公共服务后填写反馈卡，参加调查研究小组，参与架构内的评估鉴定等。我国在廉政建设、勤政建设的过程中，开创的行风评议已进行多年，这项活动实际上就是公民作为主体，评估公共部门绩效的具体实践。借鉴以往的工作经验，使行风评议更加贴近绩效评估的设计要求，把行风评议纳入绩效评估的轨道，可以规范评估程序，节约评估成本，提高评估绩效。
公民作为评估主体，体现了公共部门绩效管理的核心准则，体现了顾客满意的服务取向，这也是新公共管理运动的一个基本特征。“再造范式表明，循着命令链责任体制不如指向顾客的责任体制有效。”（戴维·奥斯本等，2003）但是，与企业管理领域的顾客满意原则相区别，公共管理领域的顾客满意是有特定内涵的。公共管理的对象可以区分为服务对象、执法对象和管制对象，只有那些服务对象才可以直接运用顾客满意原则，面对执法对象，属于服务的成分，要求做到服务满意，属于执法的要素，就只能要求公共部门的行为必须在根本上符合人民利益，在总体上做到公民满意，不能简单地以某个执法对象的反映作为标准。比如，对于税务稽查部门来说，就不能简单地以偷漏税嫌疑人是否满意作为标准；对于交警部门来说，就不能简单地以违规受罚对象是否满意作为标准。至于管制对象，就更不可能盲目地套用满意原则了。正如美国学者奥斯本所说；“将顾客和执行者混淆起来，通常是十分危险的。显然对于警察和监狱来说，公众的安全比罪犯的满意要重要得多。对于环保机构来说。公众的安全比企业总经理的满意要重要得多。最后，试想一下，如果税务局将让纳税者满意作为最高目标。会有什么样的后果。税收将陡然下落！”
公民或者是公共相对人作为公共部门绩效评估的主体是一个复合体，要讲求科学构成。首先，相对人要有一定的参加数量。一般来说，至少要有50个以上的相对人参加，一个公共部门的绩效评估才有一定的覆盖面。相对人参加评估可以采用座谈会的形式，从实际的运行实践和运行效果分析，更多的还是采用问卷调查的形式，考虑到问卷调查表不一定能够全部回收，发放的问卷调查表肯定要大于需要的问卷调查表。其次，相对人成分要有适当的结构。如上所述，公共管理的对象可以区分为服务对象、执法对象和管制对象，满意原则在三者身上实施程度是不同的。因此，相对人参加评估要考虑到以下组合：直接相对人与间接相对人的组合，狭义相对人与广义相对人的组合，受益相对人与受损相对人的组合，现实相对人与潜在相对人的组合等。再次，相对人成分要有合理的比例。相对人成分不仅要有适当的结构，还要有合理的比例，以保证评估的有效性。一般来说，直接相对人要占总体数量的一半以上。同时，为了防止一些公共部门可能出现的违规变通行为，在已经确定比例成分的基础上，问卷调查表的发放要随机进行，调查的客观性是评估有效性的基础。回收的有效问卷也要按照事先确定的结构比例，保证直接相对人在有效问卷中占有一半以上的比例。
（四）其他评估主体
评估对象自身作为评估主体，这是一个有争议的问题。不少人认为，自我评估会导致走过场，流于形式，自我评估的一般倾向会高估自己。其实，只要设计得当，框定那些易于比较、易于计量的内容，“有效把雇员与整个评估过程结合起来，进行自我管理、自我调控”（Laird W Mealier et al.，1996）。自我评估还是有特定优势的，自我评估了解运作机制，真正把握业绩，至少，可以起到简化评估程序、节约评估成本的作用。当然，为了防止自我评估邀功评好，业绩评估指标一定要由自我评估单位、专门评估组织和专家反复研究，共商而成。业绩指标一定要能够具体量化，用业绩指标的客观性来抵制自我评估可能产生的主观任意性。
公共部门绩效评估的主体结构还需要一些特殊的评估主体，这些评估主体的特殊意义在于它们一般是作为防范机制隐性存在，在整个指标体系中，使用负数指标显示。通常，评估对象在这些评估项目上分值为零，评估对象一旦触及评估内容，评估主体要从整体分数中扣除规定的分数。例如，计生局对违反计划生育政策的一票否决、综治委对社会综合治理的一票否决、安全监督局对重大安全事故的一票否决，都是特定的评估主体在特定的场合发挥作用，也就是俗称的触犯“高压线”。此外，政府设立的公共投诉中心也是一个特定的评估主体，也是以负数分值发挥作用。一旦特定的公共部门被投诉成立，或者是经查实后整改不力，公共投诉中心都要在整体的分数中按规定倒扣。
此外，在发达国家，依靠独立于政府之外的专门机构进行评估的做法渐成气候。一些国家把政府审计部门作为评估主体，英国的审计委员会、美国的审计总署都是公共绩效评估的生力军，这个经验值得我们重视。美国学者尼古拉斯·亨利在《公共行政与公共事务》一书中有一段介绍：政府会计标准委员会是一个非政府组织，同时，也是拥有制定州与地方政府的一般可接受会计准则权力的唯一实体。20世纪80年代后期，该委员会开始发布州与地方政府绩效报告的分析结果。1994年，该委员会又公布了由审计师与会计师共同撰写的关于政府“服务努力与完成”情况报告的“概念陈述”。在这位学者看来，政府会计标准委员会就是一个对公共部门进行绩效评估，用以提高政府管理绩效的相对独立的评估主体。“由于这种创制，政府会计标准委员会‘跨出了财务会计的范畴，走进了绩效测量的领域’”（卓越，2004）。