对于公安机关移送起诉的案件，人民检察院决定不起诉的，应当将不起诉决定书送达公安机关，公安机关应当改变强制措施，或者进行补充侦查，公安机关认为不起诉的决定有错误的时候，可以要求复议，如果意见不被接受，可以向上一级人民检察院提请复核。案底是指犯罪记录，在我国法律中一般指有过刑事犯罪前科的档案记录。检察院不起诉不会留有案底。
检察院不起诉后的处理是：被害人如果不服，可以自收到决定书后七日以内向上一级人民检察院申诉，请求提起公诉。人民检察院应当将复查决定告知被害人。对人民检察院维持不起诉决定的，被害人可以向人民法院起诉。被害人也可以不经申诉，直接向人民法院起诉。人民法院受理案件后，人民检察院应当将有关案件材料移送人民法院。
检察院不起诉不一定是结案了。
检察院决定不起诉，表明行为人不构成犯罪，司法机关不再追究其刑事责任，除非之后有新的证据证明其构成犯罪。当然，检察院决定不起诉，并不是代表完全不用承担其他责任，如果涉及行政违法，还要承担行政责任，如果造成他人损失等，还要承担民事赔偿相关责任。
不起诉决定书的主要内容包括：
1、被不起诉人的基本情况，包括姓名、性别、出生年月日、出生地和户籍地、公民身份号码、民族、文化程度、职业、工作单位及职务、住址，是否受过刑事处分，采取强制措施的情况以及羁押处所等；如果是单位犯罪，应当写明犯罪单位的名称和组织机构代码、所在地址、联系方式，法定代表人和诉讼代表人的姓名、职务、联系方式；
2、案由和案件来源；
3、案件事实，包括否定或者指控被不起诉人构成犯罪的事实以及作为不起诉决定根据的事实；
4、不起诉的法律根据和理由，写明作出不起诉决定适用的法律条款；
5、查封、扣押、冻结的涉案财物的处理情况；
6、有关告知事项。
检察院对刑事案件不会起诉的有以下六种情况：
1、情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的 根据《中华人民共和国刑法》的规定，如果行为人的实施的犯罪虽具有一定的社会危害性，但情节显著轻微危害不大的，不能认为是犯罪。既然不是犯罪，而是一般违法行为，人民检察院当然不能提起诉讼，作出起诉决定。
2、犯罪已过追诉时效期限的 任何犯罪所产生的社会危害都会经不住时间的考验，刑法规定犯罪已过追诉时效期限的不再追诉，没有必要再对他追究刑事责任。
3、经特赦令免除刑罚的 特赦是全国人大常委会根据中共中央或国务院的建议，经过审议决定，由最高人民法院和高级人民法院执行。在中国，凡是由全国人大常委会决定，对特定犯罪人免除刑罚的，公安机关不得立案侦查，检察机关也不得向人民法院提起诉讼。
4、依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或撤回告诉的 中国告诉才处理的案件有四种，侮辱诽谤罪，暴力干涉婚姻自由罪、虐待罪和侵占。这些案件涉及的主要是公民个人的权益，如婚姻、名誉等，实质上是公民个人的私权，是否追究加害者的刑事责任由公民个人自行决定。对于这些案件，如果被害人及其他有告诉权的人不提出告诉，或者提出告诉后又撤回告诉的，人民检察院依法作不起诉处理。
5、犯罪嫌疑人、被告人死亡的 犯罪嫌疑人、被告人死亡的，意味着失去了追究刑事责任的对象，追究其刑事责任已没有任何实际意义，故刑事诉讼活动没必要继续进行下去，因此，人民检察院应当作出不起诉决定，就此终止刑事诉讼。
6、其他法律规定免予追究刑事责任的