1、意思上的区别
商榷：商榷，是一个汉语词汇，拼音是shāng què，是商讨、讨论、协商的意思。多用于比较正式的函件。
比如一些学术讨论的文本，经常出现商榷的字眼。见《广雅》中“商，度也；榷，粗略也。言商度其粗略。出自《南朝梁．锺嵘．诗品序》：每博论之馀，何尝不以诗为口实，随其嗜欲，商榷不同。
磋商：磋商是谈判双方对报价和交易条件进行反复协商，或是做出必要的让步，或是得到一定的利益的过程。这一阶段是商务谈判的实质性阶段。
磋商应从认清分歧存在和不同意的原因开始。商务谈判中的分歧可分为3类。
协商：在生活领域，协商是处理人与人关系的润滑剂。在政治领域，协商则是一种重要的民主形式。
从日常社会生活中的管理和决策，到一年一度的全国两会，这一民主形式运用广泛而普遍。协商如同一种静水流深的力量，推动着社会前进的巨轮，成为我们党执政和决策的重要方式。
2、用法上的区别
协商一般多用于政治场合。政治领域，协商则是一种重要的民主形式。从日常社会生活中的管理和决策，到一年一度的全国两会，这一民主形式运用广泛而普遍。
商榷多用于比较正式的函件。比如一些学术讨论的文本，经常出现商榷的字眼。
磋商这是由于一方没有很好地理解对方的要求而产生的; 或者由于不愿接受对方陈述是否准确地反映他们要求的情况而产生的。
扩展资料
“鞋子合不合脚，自己穿了才知道。”在我国政治生活实践中，那些经济社会发展的重大问题，那些涉及群众切身利益的实际问题，日益普遍地通过各种渠道实现有效协商。
通过协商，去解决问题、听取意见、汲取智慧、求得“最大公约数”，正日益获得人们的广泛认同。这不仅彰显出协商的生命力，也折射出协商在我国具有独特的优势和魅力。今天，为什么协商？协商什么？与谁协商？怎样协商？不仅成为推进民主的一种制度自觉，更沉淀为人们的一种民主素养。
没有平等的沟通、思想的碰撞，就很难达成共识。对于领导干部来说，口能言、耳能听、力能行，通过协商以广纳群言、广集众智，应该说不是难事，也成为不少人提高治理能力的一种重要途径。但是，有的人刚愎自用，不屑为之；
有的人闭目塞听，不会为之；有的人贪图省事，不愿为之。诸多现象的背后，有个人性格、见识、作风等方面的原因，更多的则是民主素养的缺失。
参考资料：百度百科-商榷