假烟，一般涉及假冒注册商标和假冒伪劣商品两种情况。
1、销售假冒伪劣商品，违反《产品质量法》（
http://baike.baidu.com/view/126486.htm）的相关规定，根据罚则第五十条的规定，“在产品中掺杂、掺假，以假充真，以次充好，或者以不合格产品冒充合格产品的，责令停止生产、销售，没收违法生产、销售的产品，并处违法生产、销售产品货值金额百分之五十以上三倍以下的罚款；有违法所得的，并处没收违法所得；情节严重的，吊销营业执照；构成犯罪的，依法追究刑事责任。 ”
所以，处以罚款的金额 = 违法所得 + 货值金额的0.5倍到3倍之间
但是你说的100多块，是买假烟花的钱，还是假烟的市场价值（也就是该种烟的真品的市场价值）？法律法规中的这个“货值金额”，是指真品卷烟的市场价格，不是假烟的进货价格。
2、销售的假烟属侵犯注册商标专用权，违反了《商标法》中对注册商标进行保护的规定，根据《商标法实施条例》（
http://baike.baidu.com/view/275685.html）第五十二条的规定，“对侵犯注册商标专用权的行为，罚款数额为非法经营额3倍以下；非法经营额无法计算的，罚款数额为10万元以下。 ”
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【问题补充： 售出金额100多元，没收了我们几千元的烟，说查到有100多元是假的，
那个假烟是我们农村向下，有些人说烟太贵了，不抽，就拿去我们那里寄卖的！】
1、【那个假烟是我们农村向下，有些人说烟太贵了，不抽，就拿去我们那里寄卖的】答：无论是否寄售，总之这些烟是在你的店被查获的，这个是事实了。
2、【没收了我们几千元的烟，说查到有100多元是假的】
答：先问个问题，你的店有没有到烟草局申请《烟草专卖零售许可证》？
如果没有烟证，根据《烟草专卖法实施条例》第六十一条的规定，可以处以经营总额20%到50%的罚款，但是不能没收属于真品的卷烟。
至于假烟部分的处罚，上面已经说了，这里就不重复了。
3、个人认为，按照你提供的情况（有可能你尚未将所有情况说清楚，目前只能根据你提供的资料下一个结论），工商部门说的这个处罚决定是不合法的，超出了法律法规的规定范围，估计这个还不是最终的处罚决定。