南京市莫愁中等专业学校提供多元化的专业设置，其教育层次包括五年制高职（大专）和三年制中专。学校根据不同行业需求，开设了丰富的课程，涵盖了药物制剂技术、药品质量检测技术等专业，这些专业对于药品生产和质量管理具有重要意义。
在技术领域，该校设有医用电子仪器与维护，这为医疗设备维护和健康管理行业培养了专门人才；同时，计算机应用技术与动漫设计与制作课程，适应了现代信息技术和创意产业的发展趋势。
对于传统文化保护，古籍修复专业致力于保护和传承我国的珍贵文化遗产。此外，机电技术应用、电子与信息技术和电子商务专业，满足了现代工业和商业对技术人才的需求。酒店服务与管理专业则关注服务业的发展，培养高品质的酒店管理人才。
在艺术设计方面，电脑美术设计专业注重培养具有创新思维和专业技能的设计人才，而连锁经营与管理专业则关注商业运营与管理实践。值得关注的是，学校的“药剂”、“医用电子仪器与维护”和“电脑美术设计”专业被列为江苏省示范专业，显示出学校在这些领域的高水平教学和卓越成果。
南京市莫愁中等专业学校是一所经国家教育部评估认定的全日制国家级重点职业学校，位于发展迅速的南京市河西新城区，龙蟠虎踞的石头城下，清雅秀丽的莫愁湖畔，毗邻奥体中心场馆，已有46年的办学历史。