医院和药店药品价格存在差价的原因，有三个：一是服务对象不同，二是运行体制不同，三是药品结构不同。
首先，医院和药店的服务对象不同。医院的服务对象是病人，本着治病救人的原则，医生给病人开的药都是以能快速有效地治好其疾病为目的，对药物的药效等各方面的要求都比较高。因此，医院所用的药，首先要考虑安全性和有效性，而具有这两种特性的药物，在材料和制作工艺上往往会更加复杂，因此成本高了，价格也会相对增加。药店的服务对象是大众，只要你有需求，只要药店有得卖，你都可以去买。药店本身也会以买卖为前提，降低自己的成本，选择具有同样效果，但成本较低的药物。
其次，医院和药店的运行体制不同。医院是政府实行一定福利政策的社会公益事业机构，为了让患者放心看病、安心治病，会在医疗设施和医务人员配备上下很多功夫，医院在配备药物的时候也会经过很多环节，无形之中增加了成本，而且由于政府对医院的资金投入有限，医院对价格不具备灵活性。药店是独立法人的经济实体，采购药物的成本和运行成本与医院不同，也可以灵活调整价格和营销策略，实现薄利多销。
最后，医院和药店的药品结构不同。医院不单单是给病人开药，为了更好地预防和治疗疾病，还需要不间断地研制新药，并且经过全方位的临床实验，让新药得以发挥效果。此外，病人在医院开药，也得到了专业医生的指导。考虑到这方面的成本，国家也会相应地把医院的药价调高一点。相比较之下，药店就显得比较利益，多售卖成本低的药物，以及常用药，以量取胜，让消费者误以为药店的药价格比医院的便宜。
药改之前，“吃不起药”是很多需要长期吃药的慢性病患者的心头痛。药改之后，情况有所好转，不少常用药降价，给老百姓带来了福音。
2015药改，药品进入付费者议价时代，国家取消绝大部分药品政府定价，发改委从此从中国的药价管制领域出局。这一场药改，通过市场竞争，改变了药品价格形成方式。取消药品价格天花板，制定合理的医保支付方式，通过市场行为，引导药品价格形成。“医保支付价：釜底抽薪，逼着医院主动降药价”、“二次议价：曲线废止招标管制”、“网售处方药放开：关键时刻，需要市场临门一脚”这些措施落地，意味着政府对药品不合理管制松动。