执业药师注册有网上全程办理和网上申报、窗口办理两种方式，两种方式注册都需申请人先网上提交注册申请，然后或网上提交资料或现场提交资料，注册机构受理审核后签发证书即可。
根据注册方式的不同，执业药师注册流程如下：
执业药师注册网上全程办理流程：申请人登录
http://zyys.sfda.gov.cn(药品监督管理总局执业药师注册平台)→网上填写个人基本信息→将材料扫描上传进行网上申报→打印注册申请表→网上提交注册申请。
执业药师注册网上申报，窗口办理流程：申请人提出注册申请→注册机构受理出具受理证明→审核申请材料→复审申请→许可决定签发注册证书→送达。
执业药师注册材料如下：
首次注册：
1、《执业药师首次注册申请表》。按照要求填写信息后，打印盖章。
2、营业执照复印件（加盖执业单位公章）。
3、县级（含）以上医院出具的本人6个月内的健康体检表复印件（加盖执业单位公章）。
4、《药品经营许可证》或《药品生产许可证》或《医疗机构执业许可证》复印件（加盖执业单位公章）。
5、《执业药师资格证书》原件。
6、《执业药师继续教育学分证明》原件。
再次注册：
1、《执业药师再次注册申请表》。按照要求填写信息后，打印盖章。
2、营业执照复印件（加盖执业单位公章）。
3、县级（含）以上医院出具的本人6个月内的健康体检表复印件（加盖执业单位公章）。
4、《药品经营许可证》或《药品生产许可证》或《医疗机构执业许可证》复印件（加盖执业单位公章）。
5、《执业药师资格证书》原件。
6、《执业药师继续教育学分证明》原件（从上次注册证生效时间往后推年份）。
变更注册：
1、《执业药师变更注册申请表》。按照要求填写信息后，打印盖章。
2、营业执照复印件（加盖执业单位公章）。
3、县级（含）以上医院出具的本人6个月内的健康体检表复印件（加盖执业单位公章）。
4、《药品经营许可证》或《药品生产许可证》或《医疗机构执业许可证》复印件（加盖执业单位公章）。
5、《执业药师资格证书》原件。
6、《执业药师继续教育学分证明》原件（从上次注册证生效时间往后推年份）。
注销注册：
1、《执业药师注销注册申请表》。按照要求填写信息后，打印盖章。
2、营业执照复印件（加盖执业单位公章）。
3、离职证明原件，加盖原单位人事部门红章，单体门店的加盖门店红章。
4、《执业药师资格证书》原件。
5、《执业药师继续教育学分证明》原件（从上次注册证生效时间往后推年份）。
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