无菌包装纸盒按无菌灌装工艺分类主要有以下几种：
充填式无菌包装纸盒：这种包装方式是将待包装物品先放入纸盒中，然后再进行封口和灭菌处理。充填式无菌包装纸盒通常采用充气封口或者热封口的方式进行封口。
灌装式无菌包装纸盒：这种包装方式是在纸盒中预先留有灌装口，然后将待包装物品直接灌入纸盒中，再进行封口和灭菌处理。灌装式无菌包装纸盒通常采用热封口的方式进行封口。
袋式无菌包装纸盒：这种包装方式是在纸盒中预先留有袋口，然后将待包装物品放入纸盒中，再将纸盒封口，形成一个无菌袋。袋式无菌包装纸盒通常采用热封口或者抽真空封口的方式进行封口。
以上三种无菌包装纸盒的分类方式各有优缺点，可以根据不同的应用场景选择不同的无菌包装方式。