光战的故事主要分为两个部分，其一是纷争，其二才是FF1，其中我们称FF1的世界为世界A，纷争的世界为世界B 首先我们要从世界A的古代说起，在那时世界A有两个超文明国度，一个是鲁非因，另外一个则不明。两个国家长期处于战乱，鲁非因擅长于魔法的使用和科学的普及（估计也是魔法科学，不然你看FF1里他们那身行头……），而敌国则也用高度发达的科学创造了究极武器OMEGA和召唤兽。
鲁非因的人们后来发现了次元的裂缝，从那里一部分军队来到另一个世界发现了名为“水晶”的具有巨大能量的晶矿，然而在采集水晶的途中军队的绝大多数人被栖息在这个世界的神龙干掉了。
得到水晶后鲁非因的学者开始利用水晶来制造兵器，但是他们发现水晶是类似于生命的幼体一样的东西，于是他们利用水晶创造生物兵器，即拥有水晶力量的战士，然而任何实验都不是一次性成功的，那些数以万计的失败作被丢弃到了当初发现水晶的那个次元的裂缝中。
由希德为主的科学家通过植入大批研究人员以及希德死去的儿子的记忆和人格创造了第一个成功的作品，而那个孩子则交给了希德夫妇抚养。
这个孩子长大以后希德的妻子不希望孩子用于战争，于是鲁非因将希德夫妇关在了魔物的洞穴，并克隆了希德的妻子来方便操纵那个孩子，就这样这个孩子正式成为了兵器。
这个孩子凭借强大的力量打败了OMEGA并封印了召唤兽，而希德夫妇也在这时从洞穴中逃出找到了孩子和妻子的克隆人，军队发现逃走的三人开始攻击，最后看到母亲受伤的孩子力量暴走打开了次元的裂缝，军队全灭而孩子和希德以及妻子的那个克隆人被吸到世界B，而妻子成为了该事件唯一生还者。
被 引到了世界B的希德发现次元之门已经被关闭，为了打开次元之门就必须要再次让自己孩子使用那强大的力量，可是自己的孩子已经没有那个能力，于是希德找到了神龙并和神龙定下契约以没有肉体为代价让自己获得永恒的生命。而为了能让自己回去希德决定利用妻子的克隆人也是由水晶创造这点来让自己的孩子通过打败克隆人来不断获得能量最终进化到足够打开次元裂缝。
毕竟克隆人长得和孩子的母亲一样，所以希德决定让神龙净化孩子并召唤了一个在世界A的几百、甚至可能几千年后的一个骑士加兰德来作为引导自己孩子的人。
加兰德也是曾经一度拥有和这个孩子一样的力量的人，并且因为都被困于一个自己不想来的世界，于是加兰德和那个孩子建立了深厚的友谊并认为二者几乎可以说是一个人，于是加兰德把自己曾经变成和这个孩子一样的姿态时候的名字送给了他——卡欧斯。
卡欧斯的记忆被清洗后加兰德开始灌输卡欧斯“打败克丝莫斯成为世界霸主”的理念，而希德则让那个妻子的克隆人成为了与卡欧斯相对的存在——克丝莫斯，但克丝莫斯不具备战斗能力，为了让卡欧斯进一步成长，希德给予了二神召唤的使命，即二神召唤异世界的战士来作为自己的棋子来战斗，而失败的一方则由神龙净化后复活并继续战斗。
战斗就这样即将展开，希德为了更加确保卡欧斯的成长利用这个世界的水晶创造了最后一个水晶的战士并将其投入战场，这个最后的完成品就是初代光之战士。
最初苏醒的光之战士被秩序方的普利修和混沌方的加兰德同时发现，后来由普利修抢回，克丝莫斯发现光之战士身上有希德的气息于是同意让他成为秩序方的战士。
起初光之战士并不知道自己存在的意义，但是在普利修的引导下他逐渐寻找到了自己存在的价值并拥有了超人的意志，并且还获得了一个普利修给予的名字，但是之后在残酷的战争中普利修被完全消灭，而光之战士在被神龙再三净化后也忘记了自己的名字和普利修的存在。（初代后宫就这样挂了）
之后克丝莫斯召唤了更多的战士，而光之战士则在原本秩序方最强的魔导师夏托托离开后担当着守护克丝莫斯和战士们的领袖的工作。因为他强大的信念战士们都很敬佩他，但是也有个别却对他报以反感，其中高傲的女战士雷光最为明显。
然而种种的不服却让雷光和光之战士在后来意外地走得很近，甚至几乎成为了秩序方的最强拍档。
但是无数次的败战而导致的净化让秩序战士们的力量一次次被神龙吸取，而不断成长的混沌方的战士已经几乎玩虐秩序方。战斗一次又一次失败直至第十二次……
当第十二次的战斗秩序方占以数量上的优势时混沌方却找到了当初在卡欧斯之前的那些失败作，并且通过卡欧斯的力量混沌方终于能够控制这些失败作。失败的作品具有模仿附近生命体的能力，于是幻影大军就这样诞生了。
在不断地交手中光之战士意识到了这场战斗的艰难性，而从混沌方获得真相的凯因在告诉了光之战士“战斗不会完结”的事实后光之战士决定协助凯因将除了凯因和自己外所有的战士打入假死状并通过净化以至于不会被幻影大军完全消灭。
但是拥有和光战同样实力的雷光却没有被凯因打败，她回到了圣域见到了光战，二人大打出手。在克丝莫斯喝止后光战说出了一切，而雷光决定以自己的意志去封印次元的裂缝来阻止幻影大军的蔓延。
最后由雷光、拉格纳、梵、尤娜、蒂法组成的小队和凯因合流后打败了前来阻挠的混沌方并封印了裂缝，但是在无数的幻影大军的攻势下六人终究牺牲。
另一边光战独自保护克丝莫斯和幻影大军的本体进行无双，最后在体力不支下克丝莫斯终于按捺不住自己的负罪感叫出光战的名字并通过自我牺牲来保住光战的生命。希德在看到和自己妻子长的一样的女性做出这个举动后终于有所触动并开始认识到自己的罪过。
最后光战在废墟中苏醒看到包括克丝莫斯在内所有沉睡的战士被神龙净化，并看到死去的六人的意识将希望托付给了自己，最后光战自身也终究被神龙净化。
被净化的光战找到了在上次战斗中为了保护自己奄奄一息的克丝莫斯，而克丝莫斯决定让战士们通过找到水晶来获得最后的机会。
水晶事实上存在于最初克丝莫斯赋予战士们的力量中，但是只有拥有了绝对的意志这个力量才能进化为水晶，因为第十二次战斗中雷光等人始终对战斗抱有疑虑所以水晶始终没有出现。
而这次当光战打败了加兰德证明了自己的决心后终于获得了水晶并和同伴们合流回到圣域。
但是水晶是神之力的容器，当容器吸收的力量越多克丝莫斯也就越虚弱，最终完全失去力量的克丝莫斯被卡欧斯一击秒杀，而战士们因为水晶之力得以存活。
最终在从艾克斯德斯口中得到真相后战士们坚定了最后的决心打败了再次复活的混沌战士并朝混沌尽头出发。
临近结局卡欧斯终于回想起了以前的记忆，而加兰德也告之以真相，而神龙发现了希德在利用传送石来帮助秩序方结束这场战斗后终于暴露了自己是为了吸收战士们的经验来强化自己的目的，并利用恢复记忆后对自己父亲异常仇恨的卡欧斯的心来封印了希德并将自己的力量全部赋予卡欧斯用以消灭秩序方战士。
但是最终秩序方的战士凭借自身的意志和水晶的力量打败了卡欧斯，最终卡欧斯恢复了自身儿时的人性并成为和父亲一样没有肉体的永恒的生命。
被封印的希德解除封印后原本打算让通过雷光等人遗留的水晶之力复活的克丝莫斯成为世界A的神，但是克丝莫斯因为曾在这个世界留下美好的回忆打算留在这里和这个世界一同消亡，而希德则开始去寻找自己的未来。
秩序方的战士最后来到了世界A，然而在除了光战以外其余战士全部消失后，光战开始迈向不远处的科尼莉亚，FF1的故事就此展开…… 在光战来到了世界A后，此时的世界B已经没有了超级文明，鲁非因也落没为少数研究者研究的对象。更糟糕的是在世界A的四百年前突然出现了四大混沌将这个世界的风停止、大地腐蚀、海面狂啸、火焰失去了光辉。整个世界处于崩溃状。
四大混沌中的风之混沌提亚玛特就是四百年前毁灭鲁非因的凶手，鲁非因通过记忆传承的魔法将当初希德夫妇的事件传承下来，而在提亚玛特的侵略下残留的小部分人只能在地面一条鹰之街上与世隔绝。
后来继承了希德妻子记忆的鲁非人将当年卡欧斯的故事讲述给了十二贤者之首的卢卡恩，最后卢卡恩推出将来一定会有光之战士手持水晶来到这个世界将这个世界的轮回打破，他所指的就是在B世界打败了卡欧斯来到世界A的光战。
当光战来到了科尼莉亚后等待着他的是国王的请求，公主被绑架了，而凶手居然就是加兰德，地点是卡欧斯神殿。
但是这个世界的加兰德根本不认识光之战士，他的目的只是为了能够成为科尼莉亚的国王，而且实力也根本没有那么强大。在被光战打败后加兰德消失了。
救回公主后国王诉说了卢卡恩的预言，于是将通往北方的桥修好希望光战能够如同预言所说拯救世界。于是光战在得到公主赠送的鲁特琴后便上路了。
首先等待着光战的是巫女的请求，以配药出名的巫女玛多亚的水晶眼被人偷走（经证实就是她的眼睛……），于是战士被拜托去寻找水晶球。
其后在海滨城普拉沃卡光战打败了当地的海盗得到了船只来到南方的精灵国（另外这里是林克的老家？），精灵国的王子在被黑精灵王亚特多斯暗算后陷入了沉睡，无奈之下大臣拜托光战去西城寻找亚特多斯。
但是在西城废墟中光战之看到了一个残存的国王，国王请求战士去沼泽洞窟寻找王冠，这样才能有望复国，但是当光战找回王冠后却发现国王是由亚特多斯假扮的。亚特多斯集合了古代的王冠和巫女的水晶眼妄图获得至高的魔力使自己成为真正的精灵王，但是他始终难逃被主角光环消灭的命运。
送回了巫女的水晶眼后巫女出于感谢送了自己配的苏醒剂便轰光战走人，而用苏醒剂救醒精灵王子后王子处于感谢送给了光战神秘钥匙。
在回到了科尼莉亚后光战用钥匙打开了王宫最深处的大门，从里面获得了尘封已久的超级武器——炸药TNT……
之后光战来到西方的地精洞穴，拜托当地的地精用炸药炸开了东西海面之间隔开的路障，其后光战便来到了西方。
在西面的梅尔蒙德镇因长期被吸血鬼进攻加上大地的腐蚀已然破旧不堪，而著名的研究鲁非因的学者乌尼也居住于此。
于是光战来到了村子南边的大地洞穴打败了吸血鬼，但是大地腐蚀的状态没有恢复，而且在吸血鬼身后除了一块星彩宝石还有一块神秘的石板。
将星彩宝石给予拦路的巨人作为食物后巨人让出了通往南边的道路，光战来到南边找到贤者并被赐予大地之杖来打开那个石板封印的道路。
最终光战在大地洞穴的最深处看到了失去光辉的支撑大地之力的水晶并遇到了地之混沌巫妖。打败他后大地水晶恢复了光辉，大地也停止了腐蚀。
其后光战来到新月之镇，在这里光战见到了十二贤者得知了世界A崩溃的真相并得到了独木舟。于是在十二贤者指引下光战来到新月镇北面的格鲁格火山打败了火之混沌六臂蛇妖并让火之水晶恢复了光辉。
接着光战在冰之洞窟里面找到了当年希德创造的浮游石，利用其在南方的沙漠中找到了希德的飞空艇（顺带一提，纷争的世界里面对应着这块沙漠的地方就是凯因将昏睡的战士们送往的地方。）
得到了飞空艇后光战来到北方诸龙之岛会晤了龙王巴哈姆特，接着通过试炼得到勇气证明老鼠尾巴最终巴哈姆特授予其新的力量变为骑士（其实就是纷争里面的EX，这里只能解释为光战来到世界A后没了EX能力……）
接着光战来到昂拉克镇在这里得知200年前水之混沌肆虐、水之水晶的神殿沉落海底的故事，其后北方的盖亚镇，得知妖精被当地的流氓抓住卖给了商人。在赎回妖精后妖精出于感谢送给了光战空气之水，这样便能在水中呼吸了。
回到昂拉克在海边的女性将一切托付给光战便消失了，事实上她是海民的公主的鬼魂……
来到海底神殿光战见到了残存的人鱼并得到了古代玫瑰石，其后打败了水之混沌北海巨妖后水之水晶恢复了光辉（北海巨妖就是电影诸神之战里面那个大得离谱的货）。
其后光战回到梅尔蒙德，在乌尼的帮助下光战学会了鲁非因的语言，于是光战来到了鹰之街得知了关于提亚玛特的事情并得到了钟石，同时在瀑布的洞穴中找到了古代的机器人得到了跳关方块。利用这两样东西光战终于来到了鲁非因的古都浮游城。当年在卡欧斯暴走后希德的妻子告诉了族人事态的严重性，族人们将整个国家利用浮游石漂浮在了空中。
在这里光战找到了终极剑刃材料精金，同时投过全息影像看到了四大混沌的力量在汇聚于世界的中央。
最后光战打败了风之混沌提亚玛特，风之水晶的光辉也重现。
在得到精金之后，地精洞穴里的老铁匠处于兴奋打造了EXCALIBUR送给光战，这把和纷争里面光战的剑几乎一样。
当然在这里也不得不说一下关于里世界的事情。虽然作为游戏中的隐藏剧情但是仔细攻克后会发现这里很多都和主线息息相关而且很有趣。
四大混沌消失后里世界的封印也被依次解除，在这些里世界等待着光战的有黑暗之云的四大护法、高贝兹的四大天王、泰丰、奥鲁特洛斯、死亡列车、死亡鸟、OMEGA以及纷争的元凶神龙，还有穿越找圣剑的基伽美修。
其中光战在里世界拜访了妖精村并发现原来妖精分为善恶两类，在帮助那些魔物的灵魂超度时光战再次遇到了吸血鬼和亚特多斯，同时光战在地精的洞穴帮助地精住人解决各自问题，最终再次用得到的星彩宝石让巨人让了路。
最特别的是在死亡列车的诅咒下一个原本美丽的小镇变成了丧尸的死城，幸亏最后干掉死亡列车后诅咒得以解除。
而基伽美修则搅得人鱼们一阵恐慌，最终拿到假圣剑后想拿光战试剑却因为拿了假的再次被打入次元裂缝……
里世界完成后光战回到科尼莉亚见到了当初打败加兰德后见到的神秘人，而这个神秘人一声不吭离开了，来到卡欧斯神殿后光战再次发现那个神秘人并看见他打开一个密道，来到密道后神秘人请求光战接受考验闯入了时之迷宫。
时之迷宫是神秘人创造的世界，用来封印某个巨大的力量，在这里战士活动的时间很有限，而想通过试炼则除了强大的战斗力还得拥有最强的判断力。
在通过了各种试炼后光战来到了时之间，在这里神秘人告之自己创造时之迷宫的目的是为了能够找到打败时之主的人。
其后时之主克罗诺迪亚现身，他集合了世界上全部的混沌之力并妄图吸收光战的力量，他已有的力量中甚至包括了四大混沌和卡欧斯。在一场死战后光战打败了克罗诺迪亚，时之迷宫得以解放。
最后光战在当初打败加兰德的地方见到了化身为蝙蝠的5位鲁非人，在鲁非人的指引下光战用水晶打破了黑水晶的封印来到两千年前的卡欧斯神殿，并用公主的鲁特琴弹奏水晶序曲打开了最后的道路，打败了2000年前的四大混沌后光战来到最深处，而在那里等待着光战的却是加兰德。原来当初加兰德在掳走公主被光战打败后被四大混沌拯救并传送到了2000年前获得了混沌之力，在这里他创造了四大混沌并将他们送到未来去救自己，于是世界A的轮回就这样诞生了。为了能够让这场轮回继续、自己得到永生，加兰德变为卡欧斯决定杀死光战，但是最终还是被光战打败，但是加兰德没有死去而是被突然打开的次元裂缝吸入来到了世界B当纷争还没有开始的时候……
然而当世界A的轮回被光战斩断后，世界产生了另一个未来：世界上没有出现四大混沌，加兰德也没有走入歪路。但是人们却忘记了光之战士，但是那份存在于内心的光辉却永生不灭……
