全国五经普在实施过程中遇到了一系列挑战，首要问题是部门间协作的难题。部分政府部门对普查工作的重视不足，导致在分工与协作上存在不足，统计部门的普查人员在承担常规统计报表的同时，还得应对普查任务，这无疑增加了他们的工作压力。
普查对象的配合度问题也显而易见。由于知晓度低和对数据隐私的顾虑，许多普查对象表现出抗拒和担忧，特别是对公开财务数据有所顾虑。此外，《统计法》在约束普查对象提供准确数据方面的效力并不够，这也影响了数据的质量和普查的进度。
业务能力的提升也是关键。普查工作涉及复杂的专业知识，如经济指标分析、统计知识运用等，虽然进行了培训，但普查人员的实际操作能力还有待提高，以确保数据的准确性。
在数据采集过程中，由于普查对象范围广泛且理解不足，导致参与度不高，加上部门资料的不完整和不准确，使得数据收集工作变得更加困难。
单位清查底册的混乱状况，如“僵尸”单位的存在，地址和联系方式的不准确，也对清查结果造成干扰。
最后，普查的经费和人员配置在部分地区存在短缺，这直接影响了普查工作的顺利进行。同时，对于普查重要性的宣传不足，使得基层工作人员和普查对象对普查的认识不足，进一步加剧了普查的难度。
针对以上困难，建议强化部门间的协作，提高普查对象的参与意识，提升普查人员的专业技能，改进数据采集方法，优化资源配置，加强普查的宣传力度，以提升普查工作的效果和效率。
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