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双端测序数据分析
转录组学
分析
流程
答:
1. 数据来源说明 来自两个不同组织(PR和SR)的三个样本,每个样本经过Illumina平台测序,产生了
双端测序数据
。原始数据格式为.fq,共计12个文件(每个样本对应两个文件)。2. 测序数据质量评估 FastQC工具用于
分析
fastq序列文件的质量和产生HTML格式的报告。以PR1样本为例,评估其质量指标。3. 低质量序...
转录组学
分析
流程
答:
1. 数据来源 假设有两个不同组织(PR和SR),每个组织各区三个样本,一共六个样本,利用illumina平台进行转录组测序,得到
双端测序数据
。 数据原始格式为 .fq ,共有12条测序数据文件(每个样本产生两条)2. 测序数据质量评估 利用fastQC软件对获得的fastq序列文件进行质量
分析
,生成html格式的结果报告,...
单端
测序
与双末端测序问题
答:
距离信息可以用来判定组装后成对reads间的序列是否准确,也可用来帮助组装。这种测序方式可以用来解决基因组中的重复序列难题,被广泛采用。目前在采用
双端测序
法时,454平台建库最长(最长能达到20k),Illumina 建库长度最短(小于5k)。由于Solid和Solexa都是采用桥式扩增的方式,其本身自带Paired-End测序能...
从原始
数据
开始,fastp使用说明
答:
fastp:速度与功能的双重提升 fastp的开发者精心重构并优化了这款软件,使其在单次扫描中就能完成所有预处理任务,速度之快令人瞩目。据统计,处理100亿碱基的
双端测序数据
,fastp只需短短25分钟,比其他工具快出惊人的9倍以上。这种高效使得它在处理大量数据时,成为不可或缺的利器。fastp的一大亮点...
转录组
分析
(7) - 比对
答:
TopHat是一个基于Bowtie的RNA-Seq
数据分析
工具,它可以快速确认exon-exon剪切拼接事件。TopHat2比对有三个主要的过程,转录组的比对、基因组的比对、剪接比对,
双端测序
的Read首先每
端数据
要分别单独进行比对,然后考虑比对的片段长度以及方向将单独比对结果合并在一起形成双端比对结果。
转录组
分析
实战第一节:Rawdata的质量控制与清理
答:
从以上结果我们可以看到,Reads长度是150bp,并且rawdata中一个Run含有25M条序列。对于
双端测序
来讲,这个测序结果的数据量为: 150bp × 25 M × 2 ends = 7.5 G 当然这个rawdata的结果,
测序数据
量是一个重要的测序质量指标 如果碱基差异>10%会显示warn 如果碱基差异>20%会显示fail ...
二代
测序
的
数据
的
分析
——质量控制
答:
因此单端数据只需要用-a参数去掉“ AGATCGGAAGAGCACACGTCTGAACTCCAGTCAC ”就可以了。按照推荐我
双端数据
(Pair-End)的命令如下:其中的参数说明: -a 序列 正向接头序列,单端
测序
只用这个。 -A 序列 反向接头序列,双端情况下设置。 -q 数字 表示最低质量值,在去接头前先将低于...
ATAC-seq
分析
干货-1
答:
随着测序技术的发展,我们ATAC-seq进行的高通量测序的策略一般是PE150(之前大部分为SE50),因此
双端测序
能测的插入片段大约在350bp左右。在这种情况下,我们实际测出的reads会把Tn5酶捕获到的片段测通,为了最大程度的利用
测序数据
,我们在数据清洗过程中一般会用Trim的形式进行过滤,即将reads中判断为...
RNA-Seq
数据
的定量之RPKM和FPKM
答:
大家可以比较清楚看出来,RPKM中的R指的是Reads,FPKM中的F是指Fragments,Reads都比较好理解,就是我们的测序短的片段,那么fragment是什么呢?这是以为我们现在测序一般来说都是测
双端测序
(paired-end sequencing),那么在mapping回参考基因组的时候就会有两条reads,分别是read1和read2,分别来源于建库...
免疫组库
分析
软件MiXCR的安装和使用
答:
MiXCR可以用于提取RNA-Seq
数据
中TCR和BCR的CDR3组库,提取效率取决于样本红T/B细胞的丰度和测序长度。推荐2x150bp或者2x100bp的
双端测序
方法。不过在双端2x50bp的RNA-Seq数据(比如肿瘤样本中),主要clonotypes信息也可以被 提取 。 单一 analyze shotgun 命令可以完成
分析
生成的结果文件(analysis...
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