22问答网
所有问题
当前搜索:
测序数据分析软件
二代
测序数据
三级
分析
工具有哪些
答:
GenomeStudio、Trimmomatic
。1、GenomeStudio:用于二代测序数据三级分析的展示的可选工具,它可以帮助研究人员更直观地查看和理解测序数据。2、Trimmomatic:在二代测序数据三级分析中用于去除低质量的序列数据,在测序过程中,由于各种原因,会产生一些质量较低的序列,其可以帮助过滤这些低质量的数据,提高数据...
【生信知识】---
Nanopore测序分析软件
nanopolish
答:
前言: nanopolish是开源的综合性分析软件
,集成了非常多的三代测序数据分析小工具。1.软件安装: 通过Github源码安装:或者,通过conda安装:2.主要功能:构建索引 与参考基因组比对 利用nanopolish检测甲基化位点 对结果进行过滤
有谁可以详细讲述一下二代
测序
下机后
数据分析
流程和所用到的
软件
及程 ...
答:
不同的
测序
项目,
数据分析
流程及用到的
软件
有些差异,以转录组测序为例,项目分析流程为:数据产出统计-数据去杂-转录组拼接-SSR分析及SNP分析-基因功能注释-基因表达差异分析-差异基因表达模式聚类-差异基因富集分析。用到的软件有SeqPrep、Sickle、Trinity、bowtie、RSEM、edgeR、BLAST、blast2go、blastx/...
哪些生信可以用个人电脑跑
答:
以下是一些常见的生物信息学应用程序,可以在个人电脑上运行:1. 基本序列分析软件:
包括NCBI BLAST、EMBOSS、CLC Sequence Viewer等
。这些软件主要用于序列比对、互补序列搜索和序列编辑等基本分析。2. DNA测序数据分析软件:包括
FastQC、Trimmomatic、BWA等
。这些软件用于处理、清洗和比对DNA测序数据,提取有用...
二代
测序
的
数据
的
分析
——质量控制
答:
质量控制的测序质量检测是通过FastQC软件实现
。fastqc可以不设置任何参数运行,这样会直接在当前目录下生成一个质量报告的压缩文件和文件夹,报告是网页格式。也可以设置输出目录和是否解压缩(--noextract),默认设置会解压缩。命令如下:其中 --noextract 命令是不解压缩输出文件。 -t 参数是指定使用线程数...
RNA-Seq
数据分析
——原始数据质量控制(QC)
答:
RNA-Seq原始数据质量控制(QC)是非常重要的一个环节,由于各种原因,例如测序平台、实验操作等,原始
测序数据
可能存在不少问题,如低质量读段、接头序列、污染序列等。为了确保后续
分析
的准确性,需要先进行质量控制。一、常用工具:常用的质量控制工具有FastQC、MultiQC等,这些工具能提供测序数据的基本统计...
ncbi怎么用
答:
查询已知引物,通过probe
数据
库搜索。查看剩余1张图 9/9 同源性比对blast。有多种比对方式。DNA,RNA,Protein等比对模式,排列越高表示同源性越强。也可以进行引物比对。查看剩余2张图 注意事项 简单演示仍需深入了解 21世纪是生物科学的世纪
软件
NCBI 编辑于2016-11-04,内容仅供参考并受版权保护 赞 ...
2020-06-17 RIPSeeker: 用于从RIP-seq实验中识别蛋白质相关转录本的统计...
答:
所以,通过
测序数据
检测peak,可以获知目的蛋白结合的RNA,以及可能的结合的区域等信息。RIPSeeker是一个基于隐马尔可夫模型进行从头
分析
RIP peaks预测的免费开源Bioconductor R包,有着较高的敏感性和特异性。RIPSeeker区分正负链,可以鉴定链特异性的peak区域,有利于链特异性非编码RNA的鉴定。并且,RIPSeeker不...
使用SnapATAC
分析
单细胞ATAC-seq
数据
(一): SnapATAC简介与安装_百度知 ...
答:
SnapATAC (Single Nucleus Analysis Pipeline for ATAC-seq) 是一个能够快速、准确和全面
分析
单细胞ATAC-seq
数据
的R包,它可以对单细胞ATAC-seq数据进行常规的数据降维、聚类和批次校正分析,鉴定远端调控元件并预测其调控的靶基因,调用chromVAR
软件
进行motif分析,同时还可以将scRNA-seq和scATAC-seq数据进行...
混池
测序
(Pool-Seq)Fst
分析
答:
最近在做一项有关大鼠野生种与改良种的人工选择方向相关分析,涉及到混池测序的Fst计算。查阅文献找到一些可以对混池
测序数据分析
的已发表
软件
,如 popoolation2 qtlseqr mutmap、mutmap+、qtl-seq ; PoPoolation2 是通过比较两个混合群体得位点频率的经典pipeline,而这里笔者推荐一个2018年发...
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
涓嬩竴椤
灏鹃〉
其他人还搜
二代测序数据分析软件
单细胞测序数据分析软件
测序序列分析软件
测序数据分析
高通量数据分析软件
一代测序数据分析
双端测序数据分析
转录组数据分析软件
测序数据分析流程