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16s测序结果不好
基因分离
测序
法中
16s
rDNA法与与16~23srDNA法的内容及其相同点于不同...
答:
很详细的不是很清楚,我自己做过很多次
16s
,16-23s只看人做过。两者都是通过PCR引物扩增细胞内非常保守的核糖体DNA片段,再经过与数据库中的序列比对,鉴定目标细胞种属的技术。基本就是说,16s可以定位到属,再向下就比较难了,而16-23s间区的保守性可以鉴定到种。当然,鉴定范围不如16s那么广了。
细菌鉴定中到底是
16s
rDNA
测序
还是16srRNA测序?
答:
细菌鉴定中
测序
测的是
16S
rDNA基因,因为RNA是不稳定的。16S rDNA因其序列在物种间的高度多样性,成为细菌分类学研究的“分子钟”,素有“细菌化石”之称。16S rDNA基因全长1542 bp,由9个可变区和10个保守区组成。其中保守区反映了生物物种间的亲缘关系,而可变区则表明物种间的差异,且变异程度与...
听说光测
16s
就可能预测基因和功能,是真的吗?
答:
所以答案是可以利用
16s
序列
测序
来预测菌群的功能基因分布和代谢途径分布情况。目前主要使用的软件是PICRUSt和新发表的Tax4Fun。从我们实际分析和实验
结果
来看,预测的准确性还是很高的,不过和样品有很大关系。像肠道菌群和土壤以及一些致病菌的测序较多,所以预测的准确度较高可以到85-90%以上。一些海洋的菌...
通过
16s
rDNA鉴定细菌的疑惑
答:
1. PCR所得溶液必须经过纯化后才能进行
测序
。因为PCR反应中的残留物很多,都会影响测序的
结果
,可以说是测序技术的限制。目前PCR完后用酒精醋酸钠进行纯化,再上机检测。菌液和质粒都可以进行测序。2.PCR产物跑胶的目的是找到目的条带,因为在你PCR的过程中也许会产生一些非特异性的扩增,这些是不能拿去...
细菌的
16s
是什么意思
答:
其次,
16s
也可以指16s DNA
测序
,这是一种常用的高通量测序技术。通过测序细菌样本中的16s rRNA基因,可以获得大量的16s序列数据,用于细菌的分类和群落分析。这种测序方法已经在环境微生物学、生态学和医学研究中取得了重要的突破,并且成为了解细菌多样性和功能的关键技术。最后,16s还可以指16s rRNA分析,...
16s
rDNA 测出的两条序列都要比对吗?要拼接吗? 请高手指导一下,详细最好...
答:
做拼接有专门的软件,如DNAstar里面的SeqMan,VectorNTI里的contigexpress,DNAman里面的sequence assembly都是可以做拼接的。如果你把克隆的
16s
rDNA克隆到载体上
测序
的,那需要先把载体序列去掉才能拼接,如果是PCR产物直接测序,那可以直接做拼接。另外,最好把测序长度超过800bp的序列也剔除掉,因为在一个...
16s
抽平的好处
答:
使分母一样。因为每一个样本去掉
不好
的reads以后得到的
结果
都是不一样的。高通量
测序
测的是相对丰度。也就是某一物种的分度A1,总丰度B我们比较的是A/B的差异,如果分母不一样,比较就没有意义了。所以要把分母弄成一样的,就要抽平。
乳杆菌
16s
rDNA序列分析 先提取DNA然后PCR,扩增后纯化一下直接送去
测序
...
答:
PCR纯化之后直接送测序也是可以的,但是
测序结果
前面有几十个碱基是不准确的 所以严格来讲还是应该克隆后再测序,选用克隆载体上的引物可以完整准确的测出
16S
R序列
微生物
16S测序
数据分析思路解读
答:
7个问题串起
16S测序
的核心
结果
怎么办?用你的研究逻辑来梳理16S测序数据(图1)。简单地说,做16S测序是为了鉴定样本中的微生物(细菌)群组成,找微生物群与疾病或表型的相关性。详细地说,1)首先想了解在不同组样本中各有哪些微生物存在和丰富度(对应于菌群鉴定和α多样性分析);2)接着想看...
测
16s
rRNA能分到亚种吗?不同菌株都有致病性差异光到种不解决问题...
答:
不过这种区分不同菌属差异很大,有些可以很理想的区分,主要用来了解在更细分化尺度上菌株构成的地理和时间变化。仅通过
16s
高通量
测序
恐怕不能完全解决菌株致病性差异这种问题,但是通过对常见OTU的进一步深入分析可以提供可能的解释或方向。如果明确了某一特定类型菌株的变化有关,可以采用比如毒力基因或菌株...
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