微生物16S测序数据分析思路解读

Question

如题所述

Answer 1

文章摘录： https://metagenome.blog.csdn.net/article/details/106435898?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.control&dist_request_id=1328680.10001.16161359172342727&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-1.control

16S rRNA基因测序（也称16S rDNA测序）是最常用的菌群多样性分析的手段。对于新手，如果收到一份不讲“人话”的16S测序分析报告，很快就会被各种生态学术语、各种指数、各种分析方法弄晕。

7个问题串起16S测序的核心结果

怎么办？用你的研究逻辑来梳理16S测序数据（图1）。

简单地说，做16S测序是为了鉴定样本中的微生物（细菌）群组成，找微生物群与疾病或表型的相关性。

详细地说，

1）首先想了解在不同组样本中各有哪些微生物存在和丰富度（对应于菌群鉴定和α多样性分析）；

2）接着想看不同样本组间微生物群组成是否存在差异（对应于β多样性分析）；

3）如果是，那么就有必要找出引起不同组样本微生物群差异的关键菌。如果不是，那说明微生物群比如肠道菌群与疾病或表型可能并不相关（基于已有的研究，这种可能性比较小）；

4）找到了关键菌，在临床上，很自然会想到，这些（个）关键菌是否可以作为Biomarker（对应于疾病诊断模型构建），比如用于区分糖尿病前期患者与健康组的标志物；

5）以及这些（个）菌是否与临床指标具有相关性（对应于菌群与临床指标的相关性分析）；也会进一步想到，既然不同组的微生物群落存在差异，又与疾病具有相关性，

6）那么这些菌群是如何影响宿主的，可能参与了哪些代谢途径（对应于菌群基因功能预测）；

7）这些预测到的菌群功能是否与疾病有关，通常是肯定的。最后把这些结果整合起来分析，可以初步得出菌群组成的变化是如何与疾病或表型相关的。

顺着上述7个生物学问题来看16S测序结果，你会轻松拨开迷雾，直达核心结果。