发酵现象及发酵食品制作离不开细菌和真菌。
例如
（1）酵母分解面粉，会使面团发酵；
（2）乳酸菌可分解牛奶，会使牛奶发酵而制作成酸奶；
（3）醋酸菌会使麸皮、小米和红粮发酵，制作出醋。
（4）曲霉能分解糯米，使糯米发酵而制作出酒。谈真菌的利用
真菌在生态系统中担负着有机物分解的重任，在推动地球物质循环中功勋卓著。它种类繁多，目前，仅人类已经分类定名的就有12万种以上。在现代人类生活中，真菌也以它们强大的酶系统，发挥着重要作用。
药品制造：抗菌素类药品，除由放线菌产生外，不少是真菌的次生代谢产物，如青霉素、头孢菌素、梭链孢酸、灰黄霉素等。第一例抗菌素青霉素的发现，催发了遍布世界的抗菌素工业，促进了生化制药工业经济的发展。虽然由于人类滥用抗菌素的失误，导致了病菌抗药性的增强，抗菌素面临严峻的考验。但世界各大制药公司仍在高价收购荒原、高山、海底，乃至极地的泥土，以期找到新的抗菌素菌种，其中就包括许多属于真菌的抗菌素生产菌。
原料生产：用真菌发酵生产化工原料，已形成庞大的发酵工业。最为典型的是酒精生产，由古老白酒生产工艺演化而来的酒精工业，是化学工业的支柱产业之一，酒精作为重要的化工原料，在各国经济的发展中举足轻重。现在的酒精生产，可以利用甘蔗渣、桔杆等农副产品为原料。此外，柠檬酸、葡萄糖酸、氨基酸、核苷酸等化工原料的主产，同样要依靠真菌。
发酵饲料：目前世界粮食总产每年都在16亿吨上下徘徊，饲养业与人争粮的矛盾十分突出。减少饲料用粮或实行无粮饲养，十分迫切。牛马羊等家畜，由于胃肠的特殊结构和消化道内共生的微生物，能利用纤维，但猪却对消化纤维无能为力。农产品中，数量最多的是桔杆，生物量以千万吨级计，是取之不尽的饲料源，如果用真菌发酵转化，使粗纤维、木质素变为多糖或单糖，就可以大大提高饲用价值。我国每年产农作物桔杆约5亿吨，如果用20％做发酵饲料，就可抵400亿公斤粮食，将大大节省饲料成本，并变“废”为宝。我国新疆农科院微生物所的科研人员，对自然界的木质素和纤维素分解真菌进行筛选，用高效木质素分解菌、纤维素分解菌、有机酸发酵菌等，配伍成“桔杆发酵混合菌株”，解决了桔杆快速发酵难题。用此菌种处理麦桔，饲料中有机酸含量可达80.7％，蛋白质提高到10．7％（菌体蛋白），成了效价很高的发酵饲料。国外科学家也成功地配伍了木质纤维分解菌种，发酵效果与我国的不相上下。绿色木霉和康氏木霉，能分解纤维素，让果胶变成搪，是发酵饲料和工业发酵的常用主要真菌。德国人用木霉和镰刀菌固体发酵甜菜废渣，得到蛋白质含量高达24％的优质饲料。我国四川的科技人员，培育出活性纤维素分解菌群，可把玉米桔杆中的粗纤维转化成富含菌体蛋白的生物活性饲料。
煤的液化：我国的能源以煤为主，但燃煤排放的二氧化碳、二氧化硫等气体和微粒，是大气环境的主要污染物。据国家环保局公报，目前我国的大气污染，已接近发达国家工业化后期的水平，到了非治理不可的程度。解决燃煤污染的一个重要方法，是实行煤的液化。煤虽然也可进行气化，但中国矿业大学的专家认为，最好的办法还是液化。用热化学方法液化，需要高温高压，投资相当大，如果采用真菌液化，可以在常温常压下进行，既节省成本又能得到较为洁净的液体燃料。低档的煤结构与木质素相似，有一种致植物白枯病的真菌，它产生的木质素酶和虫漆酶，能轻易地解开碳链，在发酵床或发酵罐中将煤变成液体。此外，真菌还能吸附煤中的金属离子，省去了分离工艺。
生物冶金：用细菌冶金，已在低品位的铜矿和金矿的开采中广为应用。科学家研究发现，如果加入真菌，沥滤的效果将更好。例如，在褐铁矿或赤铁矿的沥滤液中加入产草酸真菌，能使铁离子吸取效率成倍提高。在石英沙、高岭土开采处理中加入黑曲霉类真菌，可以去掉矿石中50％的铁，使矿沙的白净度增高，烧制出的产品质量更好。真菌还能从尾矿液废液中吸附重金属，即使是已死亡的真菌的菌体，此种吸附性能也不变。美国有一家矿产公司，用根霉在矿液中连续回收铀，先用碳酸钠同菌体拌和将铀析出，再将菌体返回反应器吸铀，取得极好的同收效果。真菌也能吸附微粒，在污水或尾矿中采金、铂等。
生物控制：用真菌制造农作物防病抗病农药，已是广泛应用的技术，科学家用疫霉属真菌根除杂草马利筋，用另一种真菌控制杂草金雀花，均取得了巨大的成功。用腐霉属真菌防治甜菜种子病、木霉属真菌控制洋葱枯烂病，也有明显的效果。现在科学家已发现有400多种真菌对昆虫和寄生虫有杀伤作用，开发应用正密锣紧鼓地进行。但真菌用于生物控制，涉及生态、环境等诸多方面的问题，须持十分慎重的态度。
环境保护：由于人类在开发利用地球资源上的认识偏差，使大气、土壤和水体受到污染，有的已经到了十分严重的地步，治理环境污染已成为各国政府的重要任务。许多真菌是吸附重金属、氰化物、汞化物的能手，因而真菌成了冶理这类污染的理想手段。国外科学家从下水道污泥中分离出7种高效治污真菌，组成多菌团队，处理氮磷废水、制革污水、重金属污水，效果很好。分解木质素的真菌，具有降解氯代联苯、芳香烃环已烷等的能力，不但可以用于纸厂的生物制浆，还可以处理纸厂废水，除去废水中70％的有机氯。把白枯病等真菌用木屑培养后施入土壤，治理五氯代苯酚的污染，效果特好，施入两周后，每公斤土中有机氯就从50微克降至2微克。作为真菌利用的方向，科学家们正用生物工程技术组建各种超级工程真菌，用于环境治理。
参考资料：http://www.dhxx.net.cn/zxzr/source/czsw/ZJ/334_SR.asp