1、营业税：
如果对外支付的是劳务费，则按照《营业税暂行条例》及其细则相关规定，接受劳务的企业在境内，应由支付企业代扣代缴其应缴营业税。
如果涉及到技术转让业务，则应按下列规定处理：
《财政部、国家税务总局关于贯彻落实〈中共中央国务院关于加强技术创新，发展高科技，实现产业化的决定〉有关税收问题的通知》（财税字[1999]273号）规定，对单位和个人（包括外商投资企业、外商投资设立的研究开发中心、外国企业和外籍个人）从事技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的收入，免征营业税。
《国家税务总局、国家外汇管理局关于境内机构及个人对外支付技术转让费不再提交营业税税务凭证的通知》（国税发[2005]28号）规定，自2004年5月19日起，我国境内机构及个人在外汇指定银行购汇、或者从其外汇账户中对外支付特许权使用费项下技术转让费时，可免予提供由主管地方税务局出具的营业税税务证明，但仍应按照《国家外汇管理局、国家税务总局关于非贸易及部分资本项目下售付汇提交税务凭证有关问题的通知》（汇发[1999]372号）的规定，提交由主管税务机关提供的所得税（包括企业所得税及个人所得税）税务证明。
2、企业所得税：
境内企业如果对外支付的是特许权使用费，则应按照《企业所得税法》及其实施条例相关规定按收入全额缴纳10%的企业所得税。
境内企业如果对外支付的是劳务费等，则需要视该境外企业所提供的劳务是在境内还是境外，如果劳务完全发生在境外，则按照《企业所得税法》及其实施条例相关规定不需在我国缴纳企业所得税；如果该境外企业需要到境内进行服务，则需要视提供服务的国家是否为与我国签订了税收协定的国家。
如果是与我国签订税收协定的国家，则还要判断其是否在境内构成了机构、场所，如果未构成常设机构则按照协定不需要在境内缴纳企业所得税；如果确实构成了常设机构，则应于境内按劳务所得缴纳企业所得税。
而对于与我国没有签订税收协定的国家和地区的企业派遣雇员到中国境内提供劳务，通常构成上述意义上的机构、场所，应对归属于该机构、场所的所得缴纳企业所得税，适用25%的税率，而不再区分是否构成常设机构。
通常情况下，技术服务费与特许权使用费的区分，应按《国家税务总局关于执行税收协定特许权使用费条款有关问题的通知》（国税函[2009]507号）相关规定进行判定。
3、根据《国家税务总局关于印发<非居民企业所得税源泉扣缴管理暂行办法>的通知》（国税发[2009]3号）第十条规定，扣缴义务人与非居民企业签订与本办法第三条规定的所得有关的业务合同时，凡合同中约定由扣缴义务人负担应纳税款的，应将非居民企业取得的不含税所得换算为含税所得后计算征税。
因此，如果合同中约定由境内企业负担税款的，企业应将不含税所得换算为含税所得再计算扣缴。
4、对于扣缴的营业税与企业所得税境外企业是否可回本国抵扣，需要视其所在国的具体规定。
追问所指特许权使用费是指著作权使用费，营改增后是否要缴纳增值税而不是营业税了？
追答是的。
所指特许权使用费是指著作权使用费，营改增后是要缴纳增值税而不是营业税
技术、商标的特许权使用费应该在财税【2011】111号的应税服务的范围注释中，所以特许权使用费在营改增范围内。《交通运输业和部分现代服务业营业税改征增值税试点实施办法》
第十七条境外单位或者个人在境内提供应税服务，在境内未设有经营机构的，扣缴义务人按照下列公式计算应扣缴税额：
应扣缴税额=接受方支付的价款÷（1+税率）×税率。您公司在向境外公司支付相关技代扣代缴增值税。代扣代缴所得税还是和原来一样。