机关应单独设置账套进行独立核算，清晰反映与项目部、分公司和上级单位等各单位之间的内部往来情况，不得与其他独立核算的分公司、项目部等混合在一个账套核算。
一、与分公司、项目部的往来
机关与各项目部（包括分公司，下同）之间的各种资金往来应通过“公司内部往来”核算。
1．应收结算管理费：
机关应每月根据确认的项目产值收入，计算应收取的结算管理费。结算管理费可以计提到“工程施工——合同毛利”科目（比如因没有收到款项而不能确认利润时），在收到时再确认利润，也可以直接在“本年利润”中确认实现的利润。
第一种情况
（1）计提结算管理费
借：内部往来——上缴款（或“上缴款”辅助项目，下同）
贷：工程施工——合同毛利（结算管理费）
“工程施工——合同毛利（结算管理费）”余额反映已计提尚未确认为利润的结算管理费。
（2）收到结算管理费
借：银行存款
贷：内部往来——上缴款
（3）将结算管理费转入本年利润
借：工程施工——合同毛利（结算管理费）
贷：本年利润
第二种情况
计提时直接计入本年年利润
借：内部往来——上缴款
贷：本年利润
2．应收的质安保证金和工会教育经费
每月根据各项目部的上报产值，确认应收的质安保证金和工会教育经费等，贷记入“其他应付款”科目（在以后支出或返还时冲减该科目）。
（1）计提时
借：内部往来——上缴款
贷：其他应付款——项目保证金
（2）收到时
借：银行存款……
贷：内部往来——上缴款
（3）收到的质安保证金、工会教育经费发生支出、返还或奖励时
借：其他应付款——项目保证金
贷：银行存款……
3．借出的资金
借：内部往来——借款
贷：银行存款
4．利息计提
机关本级应每月计提应收取的内部借款利息。内部借款利息的核算原则与结算管理费相同，可以计提到“工程施工——合同毛利”科目（比如因没有收到利息而不能确认利润时），在收到时再确认利润，也可以直接在“本年利润”中确认实现的利润。
第一种情况
（1）计提利息
借：内部往来——综合费
贷：工程施工——合同毛利
（2）收到结算管理费
借：银行存款
贷：内部往来——综合费
（3）将结算管理费转入本年利润
借：工程施工——合同毛利（综合费）
贷：本年利润
“工程施工——合同毛利（综合费）”余额反映已计提尚未确认为利润的内部借款利息。
第二种情况
每月计提时直接计入本年利润
借：内部往来——综合费
贷：本年利润
5．代缴的税金及附加
按照法律规定或其他约定，应由下级单位承担，但需要机关代报代缴的营业税和教育费附加等各种税金附加，如市内项目的税金附加等，
借：内部往来——代缴税金附加
贷：应交税金
其他应交款
6．集中结算收到的客户款项
采取集中结算方式（由集团机关统一收取工程款）的本级单位，其收到的工程进度款，应计入“内部往来——已结算账款”科目，在以后划转给下级单位时，再冲销本科目。
借：银行存款
贷：内部往来——已结算账款
7．代垫费用
本级为下属单位代垫的各种款项费用及保证金，包括分配给下级承担的费用，如固定资产折旧费，
借：内部往来——代垫费用
贷：累计折旧
银行存款……
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