法约尔的一般管理理论的局限性主要在于他的管理原则缺乏弹性,以至于有时实际管理工作者无法完全遵守。
以统一指挥原则为例,法约尔认为,不论什么工作,一个下属只能接受惟一一个上级的命令,并把这一原则当成一条定律。这和劳动分工原则可能发生矛盾。因为根据劳动分工原则,应将各种工作按专业化进行分工,才有助于提高效率,当某一层次的管理人员制定决策的时候,他就要考虑来自各个专业部门的意见或指示,但这是统一指挥原则所不允许的。例如,某一分厂的会计人员,在组织上隶属于这个分厂,按照统一指挥原则,总厂财务部门必然无法指挥分厂的会计人员。