玻璃托运人已在物流公司托运单上签字，是对托运合同的认可，托运合同合法有效。合同法第六十一条规定：“合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、履行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充；不能达成补充协议的，按照合同有关条款或者交易习惯确定。”合同法第三百一十二条规定：“货物的毁损、灭失的赔偿额，当事人有约定的，按照其约定；没有约定或者约定不明确，依照本法第六十一条的规定仍不能确定的，按照交付或者应当交付时货物到达地的市场价格计算。法律行政法规对赔偿额的计算方法和赔偿限额另有规定的，依照其规定。”以上规定体现了当事人自治、当事人约定优先原则。故物流公司应依据合同对托运人进行赔偿。
民法通则第一百一十二条规定：“当事人一方违反合同的赔偿责任，应相当于另一方因此所受到的损失。当事人可以在合同中约定，一方违反合同时，向另一方支付一定数额的违约金；也可以在合同中约定对于违反合同而产生的损失赔偿额的计算方法。”合同法第三百一十一条规定：“承运人对运输过程中货物的毁损、灭失承担损害赔偿责任，但承运人证明货物的毁损、灭失是因不可抗力、货物本身的自然性质或者合理损耗以及托运人、收货人的过错造成的，不承担损害赔偿责任。”物流公司不能证明自己具有免责事由，故应对寄运人的玻璃照价赔偿。且托运单是物流公司自行拟定、印制的，并在对外业务中反复使用，应认定为格式合同。依据该合同约定，丢失货物物流公司按运价的5至10倍赔偿，最高赔偿额不超过500元，该赔偿额显著低于货物实际价值，上述合同内容违背公平原则，应属无效，应判定物流公司赔偿托运人实际玻璃损失费用金额。
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