自康熙十二年十一月二十一吴三桂起兵反清。至康熙二十年十月二十九吴世璠自杀，清军进入昆明，三藩之乱历时八年。其演变过程，大致可分为三个阶段。
第一阶段自康熙十二年十一月至十五年四月。战乱不断扩大，吴三桂兵出三贵，进据湖南澧州、常德、岳州、长沙；清军云集荆州、武昌、宜昌，但不敢渡江撄其锋。孙延龄叛于广西，罗森、郑蛟麟、吴之茂叛于四川，耿精忠叛于福建，台湾郑经渡海进兵福建漳州、泉州和广东潮州，提督王辅臣又叛于宁羌，击杀清陕西经略莫洛。四方震动，人心动摇。康熙帝欲亲征，经议政内大臣密议谏止。清军东征西讨，顾此失彼。随后尚之信又叛于广东，总督、巡抚俱附之，清廷增兵两江。
第一个阶段主要是康熙由于准备不足，所以清军在前线接连失利，丢失了很多城池。
第二阶段自康熙十五年五月至十七年七月。以王辅臣败降平凉为转机，形势向有利于清军发展。随后，因郑经部争据福建漳、泉、兴、汀等地，耿精忠腹背受敌，仓促撤兵请降。尚之信也相继投降。孙延龄又被吴世璠杀于桂林。于是，清军集中兵力进逼长沙、岳州，吴三桂聚众固守。两军在江西吉、袁二州、广东韶关、永兴和广西梧、浔二州及桂林等湖南外围要地反复争夺。清军将帅每多观望，旷日糜饷，在军事上仍处于相持阶段。
第二个阶段由于西北战场形式的转好和郑经的威胁，耿、尚先后投降，进入相持阶段。
第三阶段自康熙十七年八月至二十年十月。康熙十七年，年已七十四岁的吴三桂在衡州称帝，国号大周，但未能改变叛军的困境。同年秋，吴三桂病死，形势陡变。叛军无首，众心瓦解。其孙吴世璠继承帝位。清军趁机发动进攻，从此叛军一蹶不振，湖南、广西、贵州、四川等地逐步为清军恢复。但马宝、胡国柱等叛军仍困兽犹斗，节节顽抗；满洲将帅仍多迁延，以致时逾两年，清军才进逼云南，康熙二十年底，围攻省城昆明。吴世璠势穷自杀，余众出降，三藩之乱终告平定。
第三个阶段就是围剿的阶段了，吴三桂只做了几个月皇帝就翘辫子了。
用的将领主要有勒尔锦、彰泰、岳乐 赵良栋、王进室、蔡毓荣、董卫国等人，康熙直接领导。
前后一共用了八年。
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