首先，命先锋都统硕岱率清军兼程前往荆州，进驻常德以遏叛军。康熙又在山东兖州、山西太原建立军事基地，集结兵力、秣马以待。下令停撤耿、尚二藩以孤立吴三桂。康熙十三年（1647）二月二十七日，颁布诏书，声讨吴三桂背恩反叛罪行，宣布削其亲王爵位，表示武力平叛的决心。四月十三日。将吴三桂之子吴应熊、孙吴世霖处绞，以打击吴三桂。
康熙十三年（1674）三月，命安南将军额附华善守京口（今江苏丹徒），定南将军希尔根赴江西，杨威将军阿密达镇江宁（今南京），平南将军都统赖塔去杭州，平寇将军根特巴鲁援广东，镇东将军喇哈达驻江南以保护东南财赋重地。细致而周密的举措，避免了吴、耿会师江西危局的出现。
康熙十三年（1674）十二月，康熙采纳华善的建议，提高绿营兵的地位，授甘肃提督张勇为“靖逆将军”，委以收复王辅臣，总督不得节制，经过几个月的努力，最后王辅臣投降，西北局势趋于稳定，为平定三藩之乱提供了保证。
康熙十五年（1676）二月，康熙派人传谕耿精忠，如能革心投诚则视之如初。时郑经乘机返回大陆，占据耿精忠后方，康熙采取远交近攻策略，默许郑经行为。到这年六月，耿、郑矛盾尖锐起来。在强大的政治和军事的攻势下，十月初四，耿精忠率文武官员出城相迎。康熙命耿精忠仍留靖南王爵，率部随大军征剿郑经，将郑经赶出泉州。福建、浙江相继平定。
到康熙十六年五月，陕西、福建、广东相继平定，康熙开始了对吴三桂的围攻。
康熙十九年（1680）年，康熙下令清军分三路进军吴三桂的老巢云南，向叛军发起总攻。不久清军攻入云南，将叛军的老巢昆明包围得水泄不通，守军大都投降。
康熙二十年（1681），历时八年、祸及大半个中国的三藩之乱终于被平定了。