开除员工的合法程序：
用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会；然后为员工出具离职证明；再转移档案和社保；最后由员工按双方的约定完成好工作交接。
法律依据：
《劳动合同法》第五十条 用人单位应当在解除或者终止劳动合同时出具解除或者终止劳动合同的证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。 劳动者应当按照双方约定，办理工作交接。用人单位依照本法有关规定应当向劳动者支付经济补偿的，在办结工作交接时支付。
《劳动合同法》第四十条 【无过失性辞退】有下列情形之一的，用人单位提前三十日以书面形式通知劳动者本人或者额外支付劳动者一个月工资后，可以解除劳动合同：
(一)劳动者患病或者非因工负伤，在规定的医疗期满后不能从事原工作，也不能从事由用人单位另行安排的工作的;
(二)劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的;
(三)劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经用人单位与劳动者协商，未能就变更劳动合同内容达成协议的。
1、认定员工严重违纪，必须依据合法有效的规章制度，合法有效的规章制度是用人单位辞退违纪员工的重要依据。最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题的解释第19条明确规定，用人单位通过民主程序制定的规章制度，不违反国家法律规定，行政法规以及政策性规定，并已经向劳动者公示的，可以作为人民法院审理劳动争议案件的依据。只有依据合法有效的规章制度做出来的辞退决定，才可以成为仲裁机构或者司法机关的判案依据。所以用人单位一定要建立起合法有效地规章制度，才能将其作为判断劳动者是否严重违纪的客观依据。
2、规章制度只有公示过才能对员工产生法律效力。劳动合同法第四条规定：用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。如果用人单位没有证据证明规章制度已经公示或者向劳动者告知的话，该规章制度不能作为辞退劳动者的依据。所以用人单位一定要将该合法有效地规章制度公示或者告知劳动者，才能将其作为判断劳动者是否严重违纪的客观依据。
3、必须有证据证明劳动者严重违反规章制度。如果单位没有注意搜集保存能够证明劳动者严重违反规章制度的证据，就算是劳动者真的严重违纪，但是在劳动争议中用人单位举不出来证据，就要败诉，法律讲究的是证据。因此在员工发生严重违反规章制度的情况下，用人单位应该及时取证。实践中要求劳动者做出书面的检讨或者解释、说明和承诺，留档备查是最有效和便利的方法。
4、履行通知工会和本人的程序。劳动合同法第43条规定，用人单位单方解除劳动合同，应当事先将理由通知工会。所以，用人单位做出解除劳动合同的决定后一定要通知工会。另外应该注意的是，最高法院关于审理劳动争议案件适用法律若干问题解释（二）第一条规定，因解除或者终止劳动关系产生的争议，用人单位不能证明劳动者收到解除或者终止劳动关系书面通知时间的，劳动者主张权利之日为劳动争议发生之日。因此，用人单位在做出解除劳动合同的决定以后，还要将该决定送达劳动者，而这一举证责任在于用人单位，如果用人单位不能举证已经将解除劳动合同通知书送达劳动者的时候，将会使用人单位面临劳动仲裁失效无限延长的法律风险。
本回答被网友采纳方案一：预告性辞退
针对以下几种情况的员工，公司可以通过提前30天书面通知员工，或者支付代通知金，也就是一个月的工资给员工的方式，达到辞退的目的。
1、员工患病或者因工负伤，医疗期满后，不能从事原来的工作，也不能从事公司安排的其他工作。
2、员工不能胜任工作岗位的要求，经过培训或者调整工作岗位后，依然不能胜任工作的。
3、劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使劳动合同无法履行，经双方协商不能就变更劳动合同达成协议的。比如公司面临重组业务调整。
4、经济性裁员的，裁员方案需要向劳动行政部门报告。得到允许的可以向全体员工说明的情况下裁员。
预告性辞退的时候要注意，辞退前要向企业的工会发送辞退理由的通知，也就是告知工会。如果企业没有工会的，要向当地的上级工会报告，然后再向员工发送辞退通知，这样才是合法合规的流程。
方案二：过失性辞退
员工符合劳动合同法第三十九条规定情形的，公司可以无需提前30天通知员工，立刻解除与员工的劳动合同。这些情形包括，试用期被证明不符合录用条件、严重违纪、严重失职营私舞弊对公司利益造成重大损害、被依法追究刑事责任等。
方案三：协商一致解除
这个比较好理解，只要双方能够就赔偿事宜协商一致，不存在胁迫、欺诈等情形的，解除劳动合同就是合法有效的。协商解除与预告性辞退一样，都是需要给予员工经济补偿的。经济补偿的标准与工作年限有关，每工作一年应该补偿一个月的工资，最多补偿十二个月的工资。
当然了辞退的时候一定要注意合法性，比如过失性辞退，就需要保证证据确凿，程序合法，公司也有完善的规章制度作为辞退依据。辞退员工后，相关通知文件，员工签字确认文件等都要保留好，以防万一发生诉讼或仲裁时，因为没有证据了，反而输掉了诉讼。
本回答被网友采纳