误区1：阿米巴经营是一种管理模式
我们所熟悉的绩效考核、精益生产、全面质量管理、六西格玛等都是员工被动接受式的管理模式，都属于企业内部某个局部的管理模块，没有全面涉及企业经营的层面。员工往往都是以完成公司下达的工作任务为目标，没有自我经营的主动意识。
而阿米巴是把组织划分成一个个小的单元，通过独立核算制加以运作，在公司内部培养具备经营思维的领导, 让“人人成为经营者”，使员工的利益与企业的利益相结合，让员工做企业的主人，使企业与员工共同发展。
误区2：阿米巴经营就是独立核算
很多人一听阿米巴，第一反应阿米巴经营就是独立核算，这种观点是片面的。
阿米巴经营有三个目的:
1)确立与市场挂钩的部门核算制度。
2)培养具有经营者意识的人才。
3)实现全体员工共同参与经营。阿米巴经营的核心思想是为企业培养具有经营者意识的领导者，在公司内部导入稻盛和夫经营哲学，让全公司都拥有共同的哲学思想。
每一个独立的阿米巴巴长，都必须像企业经营者一样思考，思考自己所负责的阿米巴怎样才可以接到更多的订单，思考怎样才可以节约更多的经营成本。在统计方法与速度方面同样也要去思考，思考是否有更好的方法，可以更快、更准确地核算出各项所需要的经营数据。
阿米巴的巴长必须像老板一样去经营管理自己的团队。用心去经营自己的团队不仅仅是核算经营数据这么简单。常规的独立核算是指独立单位对本单位的业务经营活动过程及其成果进行全面、系统的会计核算，只是按要求进行数据统计算而已，管理人员很少有像老板一样的思考方式去思考经营方面的问题，认为经营方面的问题都是老板应该去想的，与他们无关，他们只是负责统计数据的工作人员。
误区3：阿米巴经营就是承包制
阿米巴经营与承包制完全不一样，两者是有本质区别的。阿米巴经营是总经理项目，是总经理工程，因为它首先要求企业经营者必须改变自己的经营理念，接受稻盛和夫的经营哲学。如果企业经营者不愿意接受稻盛和夫的经营哲学，根本不想去改变自己的经营理念，一心只想着怎样利用员工去赚更多的钱，那么就没有必要学阿米巴经营了，因为就算强行在企业内部推行阿米巴经营，最后也不会有好的效果。
稻盛和夫经营哲学在一个企业内部就像土壤，阿米巴经营只有在这样的土壤才能生根，发芽，茁壮成长，助力企业不断向前发展。
误区4：阿米巴经营就是绩效考核
阿米巴并不把考核结果和个人以及团队的收益挂钩。阿米巴考核的作用是让各阿米巴经营单位了解自己的经营状况，找出改善问题的方法，提高经营业绩。是业绩改善的工具，是发现人才的方法，却不是奖金分配的依据。企业推行阿米巴经营，如果不匹配科学的绩效考核体系，也就难以取得好的效果。
如何能解决阿米巴现有的绩效管理问题？答案就是回归阿米巴经营原点，回归绩效的真正意义——培养阿米巴经营人才与阿米巴经营循环改善。
误区5：阿米巴经营就是分权
分权的目的是集权。阿米巴经营的量化分权真正做到了权力共享，人人都是经营者；从执行者转化成经营者，化被动为主动。让员工获得更多的权力，尤其是对工作掌握主动权，最大限度地发挥自己的才能，激发最大的潜能。同时，实施分权手段，通过内部交易直接向各个阿米巴组织传递市场压力，提高竞争力，看清楚企业的经营状态，实现更好的集权。
阿米巴经营是一个责任系统，采取独立核算，权力下放，培养员工做企业主人公的意识，让员工自己去经营。同时，采取透明经营手段，使我们可以清晰明了地了解企业的运营状态，指导我们的发展方向。