主要依据公司的内部规章制度以及相关的劳动法律法规。
一、内部规章制度与劳动合同
员工停薪留职的期限、条件以及期满后如何处理，一般会在公司的内部规章制度以及员工的劳动合同中有所规定。员工在停薪留职期间，虽然暂停了工作，但与公司之间的劳动关系依然存在。因此，超过3年停薪留职期限后，公司首先需要参考这些规定和合同，明确双方的权利和义务。
二、与公司协商
如果内部规章制度或劳动合同中没有明确规定停薪留职超过3年后的处理办法，员工应与公司进行协商，寻求解决方案。可能的处理方式包括恢复工作、延长停薪留职期限、解除劳动关系等。在协商过程中，双方应充分沟通，尊重彼此的权益，达成合理、公平的协议。
三、法律途径
如果协商无果，员工可以选择通过法律途径解决争议。根据《中华人民共和国劳动法》和相关规定，员工可以向劳动争议调解委员会申请调解，或者直接向劳动争议仲裁委员会申请仲裁。如果仲裁结果仍不能满足员工的诉求，还可以向人民法院提起诉讼。
在处理停薪留职超过3年的问题时，公司应尊重员工的权益，遵循公平、公正、合法的原则，避免损害员工的合法权益。同时，员工也应了解自己的权益和义务，积极与公司沟通协商，寻求合理的解决方案。
综上所述：
停薪留职超过3年的处理办法主要依据公司的内部规章制度、劳动合同以及相关的劳动法律法规。员工在面临这种情况时，应首先了解公司的规定和合同内容，然后与公司进行协商。如果协商无果，可以选择通过法律途径解决争议。在整个过程中，双方都应尊重彼此的权益，遵循公平、公正、合法的原则。
法律依据：
《中华人民共和国劳动法》
第二十六条规定：
有下列情形之一的，用人单位可以解除劳动合同，但是应当提前三十日以书面形式通知劳动者本人：
（一）劳动者患病或者非因工负伤，医疗期满后，不能从事原工作也不能从事由用人单位另行安排的工作的；
（二）劳动者不能胜任工作，经过培训或者调整工作岗位，仍不能胜任工作的；
（三）劳动合同订立时所依据的客观情况发生重大变化，致使原劳动合同无法履行，经当事人协商不能就变更劳动合同达成协议的。
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