所谓抗原，即指最初刺激免疫系统的物质，病毒或细菌就是抗原群中典型的代表。抗原主要分为同种抗原(输血、移植、妊娠等)、异种抗原(宠物的毛等)、植物抗原(花粉、食物等)、合成抗原(合成肽、疫苗等)、微生物抗原(细菌、病毒、真菌、寄生原虫等)。总之，我们周边存在的机体成分以外的非自身的物质都可能成为抗原。
如果给抗原严格地下定义的话，那么，抗原就是单独靠它就可以诱生抗体的物质。以细菌为例，其结构是非常复杂的，是由蛋白质、核酸、脂肪以及多糖物质构成的。值得注意的是，虽然完整的细菌本身可作为抗原，但实际上是细菌的中心结构成分的蛋白质才是抗原。蛋白质中与抗体结合的只是其结构的一部分。
由于抗原的分子量不达到一定大小，就不能与抗原呈递细胞或T细胞结合，不能刺激抗体生成细胞。因此，只有两个分子以上的氨基酸进行结合的化合物(分子量为1000～2000的肽)才可以成为抗原。此外，多糖、核酸也可作为抗原。
也就是说，分子量不达到一定程度，就不能成为诱发抗体的抗原。再有，脂质或低分子化合物不能单独引起抗体的生成。但若与蛋白质等结合，可以生成抗脂质特异的抗体。这样结合的脂质及其他低分子化合物由于其本身不具有引起免疫反应的能力，称为半抗原，蛋白质称为载体。
当对机体有害的低分子化合物侵入体内时，多数情况下是由肝脏来把它分解掉。