1.金融服务体系不完善
精准扶贫时期，农村金融的作用主要集中在带动贫困户脱贫，方式上主要采取发放金融补贴及给贫困户发放种养补贴，如以牲畜幼崽的形式发放给贫困户，或者发放小额低息贷款。这个阶段，享受金融服务的主要为贫困户，金融服务呈现出局部性、区域性、不可持续性等特征。随着脱贫攻坚任务的如期完成，农村金融支持应注重全面性，支持农村产业发展、生态发展、基础建设发展、农户自身发展今巩固来之不易的脱贫攻坚成果，衔接乡村振兴。
但是当前农村金融市场体系仍不完善，农村、农户对资金的需求旺盛，金融供给却明显滞后，存在一定的金融排斥现象。在精准扶贫时期，贫困户被纳入金融服务体系当中，但随着新阶段到来，面对大量的资金需求，金融排斥现象凸显。从金融机构分布来看，传统金融与非正规金融并存，而涉农金融机构如农信社的角色定位模糊不清，内部法人结构不完善，服务上与商业银行和四大行也有交叉。农业利润率低，投资价值不高和风险很大，银行不愿涉足。而非正规金融表现形式是民间借贷，具有一定风险性。农村金融有效供给不足始终是现代金融业的短板之一。
2.农村金融产品同质化严重
实施乡村振兴背景下，振兴主体仍然是小农，在小农生产实践中，未能围绕小农的生产逻辑构建金融服务体系，不能化解农户生产实践中的风险。金融服务的思路仍然是以精英阶层为导向，金融机构产品形式单一，针对农产品后续加工的资金种类不多，为农业生产的金融产品匮乏，与农户需求契合度不高。农户需求的信贷时间较长，针对此类农户的金融产品不多。面对乡村振兴的多元融资需求，金融服务与之不相匹配。新型农业经营主体作为金融机构的贷款对象，往往采取民间借贷形式，原因是不经过审批等程序。但借贷利率不受市场利率支配，存在一定风险，不利于农村金融市场的有效培育。
3.农村信用体系建设滞后
由于对征信工作缺乏了解，一些农民出于对个人信息安全考虑，经常错误地报告相关信息，增加了信息收集难度，导致征信信息失准。农村金融机构部分工作人员学历不高，经验不足，对农民信用信息收集缺乏热情，工作效率低，有可能出现逆向选择的风险。此外，农户在农村的资产无法入市也是一大问题。随着新修订的《农村土地承包法》施行，农户个人资产无形中得到升值，从法律角度上看，“三权分置”中宅基地作为抵押物进行金融贷款将成为可能，但宅基地入市、实际价值评估方面，还缺少相应的法律依托，依附在农户身上的农村产权无法证明，影响了农村居民贷款的可获得性。
4.乡村治理水平制约农村金融发展
治理有效是乡村振兴的基础，是开展基层村务的前提，关乎基层的未来发展。在单个农户信贷方面，对于金融机构而言，绝大多数银行没有在乡镇设立支行，农村金融始终是现代金融体系的短板，造成供给成本过大。