经过1952和1953两年的大规模院系、专业调整，全国高校由原来的211所减为182所：综合大学14所，工科院校39所，师范院校31所，农林院校29所，医药院校29所，政法院校4所，财经院校6所，艺术院校15所，语言院校8所，体育院校5所，民族院校2所。
就总体而言，院系调整加强了工程、师范和农林等方面的专业人才的培养，使专门学院尤其是工科类专门学院有了相当可观的发展，为我国培养了一大批经济建设所急需的专门人才，改变了旧中国工程技术教育过于薄弱的状况。
但是，院系调整指导方针的后一部分，即“整顿和加强综合性大学”却没有真正得到落实。由于照搬苏联高校系科设置模式，使原有的一些素负盛名的综合性大学程度不等地有所削弱。如解放初期的南京大学曾有文、法、理、工、农、医、师范等7个学院共42个系科，院系调整后仅保留了文、理方面的13个系，其中心理学系自1952年后即未再招生，仅有其名而无其实。尽管通过院系调整，南京大学新建了天文学系，加强了地学类和外国语言文学类系科，但人文科学领域的哲学系，社会科学领域的经济、法律、政治等颇有特色的系科或者被调出，或者被撤销，不能不说是院系调整中的一个失误。此外，院系调整后形成的“综合大学（文理学科型）—多科性工科大学—单科性专门学校”的高校设置模式，往往由于社会科学与自然科学，基础学科与应用学科的相互脱节和分离，影响了学科的交叉与渗透，影响了学科的更新发展与人才培养的质量；同时，还妨碍了以后高等学校基础研究和应用研究、开发研究的结合。
1953年9月，高教部长马叙伦在《关于综合大学的方针和任务的报告》中，既充分肯定了院系调整的成绩，也指出了存在的缺点和问题。他说：“首先，有过急的毛病，例如在某些地方一下子摆出的摊子过多，而事前准备不足，以致某些独立出来或新设立的院校，内容并不充实，同时却使调整后的个别综合大学的力量被削弱，被分散”；“第二，在某些地方调整时未能照顾到某些大学的原有的优点与系科特长，以及其本身的实际需要，或者移重就轻，使其多年积累起来的能代表该校特点的教学基础失掉应有的作用，或者把某些重要科系连根拔掉，使该校其他相关科系的教学和研究工作受到影响”。马叙伦还指出：“在处理文法等系科的作法上，有些是更不妥当的”，如“只看到其课程内容陈腐又非目前急需的一面，有时就采取绝对办法，单纯地调出、合并或取消，而不是有区别有步骤地加以合理取舍，逐渐改造，以适应将来的需要和发展。”马叙伦的分析既辩证、全面，又剀切中肯。对于全国院系调整中出现的这些问题，尽管事后也曾采取了某些补救措施，但总的说来纠偏不力。而这一历史缺憾，直到80年代后才真正开始得到弥补，但永远无法消除院系调整带来的影响。
