无证经营二类三类医疗器械处罚依据为医疗器械监督管理条例第八十一条。主要内容为单位未经许可从事第三类医疗器械经营活动的，由相关部门没收违法所得、违法生产经营的医疗器械和用于违法生产经营的工具、设备、原材料等物品；根据违法生产经营的医疗器械货值金额予以罚款；情节严重的，责令停产停业等。
《医疗器械监督管理条例》第八十一条第一款第三项
有下列情形之一的，由负责药品监督管理的部门没收违法所得、违法生产经营的医疗器械和用于违法生产经营的工具、设备、原材料等物品；违法生产经营的医疗器械货值金额不足1万元的，并处5万元以上15万元以下罚款；货值金额1万元以上的，并处货值金额15倍以上30倍以下罚款；情节严重的，责令停产停业，10年内不受理相关责任人以及单位提出的医疗器械许可申请，对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他责任人员，没收违法行为发生期间自本单位所获收入，并处所获收入30%以上3倍以下罚款，终身禁止其从事医疗器械生产经营活动：
（三）未经许可从事第三类医疗器械经营活动。