法律分析：根据检察机关不予起诉的三种情形看，被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形之一而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
法律依据：《中华人民共和国刑事诉讼法》 第二百八十六条 犯罪的时候不满十八周岁，被判处五年有期徒刑以下刑罚的，应当对相关犯罪记录予以封存。犯罪记录被封存的，不得向任何单位和个人提供，但司法机关为办案需要或者有关单位根据国家规定进行查询的除外。依法进行查询的单位，应当对被封存的犯罪记录的情况予以保密。