借鉴国内外相关研究（杨巧红，2006），依据补偿的实施目的、实现形式、补偿流向、政府和市场的作用，以及时间尺度等，可将水土保持生态补偿作如下分类。
一、以实施目的划分
按照实施目的，可将水土保持生态补偿划分为两大类，即抑损型补偿和增益型补偿。
抑损补偿属于资源有偿使用意义的补偿。其目的之一是减少生态破坏以及资源利用的直接损失，二是弥补由于生态与环境资源稀缺性所导致的局部受益和全社会均摊资源代价之间的矛盾。
增益补偿是一种激励性的补偿机制，即对生态保护和建设者给与经济的或其他方式的补贴，以保持和促进其从事生态保护和建设活动的积极性。其目的在于通过补偿而带来生态与环境资源的主动增益作用。
二、以实现形式划分
按照补偿的实现形式，可将水土保持生态补偿划分为政策补偿、资金补偿、实物补偿、智力补偿、就业补偿等类型。
政策补偿即对受补偿者提供一系列政策方面的优先权和优惠待遇，常表现为制度资源和政策资源。在我国中西部生态脆弱区和经济欠发达区域，政策补偿往往比直接的资金补偿和实物补偿更为有利。
资金补偿是最直接、最常见的补偿形式，又可以细分为以下类型：①财政转移支付，是上级政府为下级政府进行财政分配、转移和调节的一种财政管理方式，包括为弥补地方政府财力不足的一般性转移支付和为解决某一特殊问题而对地方政府提供的专项转移支付两种补偿类型。财政转移支付是中国目前最重要的生态补偿途径。②项目支持，包括对生态建设与环境保护项目、生态重点保护区的替代产业和替代能源发展项目，以及对生态移民项目的支持等。③征收生态环境补偿税费，指通过建立生态环境税费制度而形成固定的环境保护和生态建设资金渠道。
实物补偿即部分或全部解决受补偿者所需要的生产要素和生活要素，包括物质资料、劳力和土地等，以便改善受补偿者的生活状况和提高受补偿者的生产力水平。
智力补偿即通过智力服务，包括技术咨询、指导等，改善和提高受偿者的生产力水平和组织管理水平等。
就业补偿，即经济发展水平较高的受益区可以通过提供就业机会，实现对经济欠发达的施益区进行补偿。
三、以补偿流向划分
按照补偿流向，可将水土保持生态补偿划分为两大类，即横向补偿和纵向补偿。
横向补偿又可分为区际补偿和部门补偿。区际补偿是建立在区际公平基础上的补偿形式，下游的经济发达地区“反哺”负担环境生态保护和建设任务并因而遭受发展机会和发展方式限制或者财政减收的上游地区，这是区际补偿的最典型案例。部门补偿也称为产业补偿，是当环境保护和生态建设的投入方和受益方隶属不同部门/产业时，由受益方支付给投入方从而实现部门/产业间利益再分配的过程。
纵向补偿是指补偿流向由中央到地方。纵向补偿是对区际补偿和部门补偿的补充或替代形式，当生态与环境外部性内部化难度过大而使得区际补偿和部门补偿可操作性降低甚至无法操作时的一种弥补方式或者折衷方式。
四、以政府和市场的作用划分
根据政府和市场在补偿中发挥作用的大小，可将水土保持生态补偿划分为政府主导和市场主导两类。
政府主导是指政府在推动水土保持生态补偿实施的过程中，自始至终发挥着主导作用。主要包含两个方面内容：一是政府直接向施益区提供补偿，可以是全额补偿，也可以是部分补偿；二是政府通过制定相关法律政策及有关制度，明确界定水土保持生态补偿的主体与客体及其相应的权利、义务和责任，推动补偿的实现。
市场主导是指水土保持生态补偿的主体、客体，主要借助市场机制，通过协商、谈判等形式来实现补偿。
五、以时间尺度划分
依据补偿时间尺度，可以将水土保持生态补偿划分为代际补偿和代内补偿。代际补偿是指不同代人之间的补偿。代际补偿的依据是生态资源是当代人和后代人的公共财富，当代人利用资源应充分考虑后代人的生存和发展。
代内补偿则包括同代人之间各种形式的补偿。