1、房屋所有权人身份不同
国有土地和集体土地的使用主体是不同的。
《城镇国有土地使用权出让和转让暂行条例》第三条规定：“ 中华人民共和国境内外的公司、企业、其他组织和个人，除法律另有规定者外，均可依照本条例的规定取得土地使用权，进行土地开发、利用、经营。”
而根据《土地管理法》的相关规定，村民建住宅的宅基地是属于农民集体所有的，只有集体经济组织成员才享有宅基地使用权，非本集体经济组织成员是不能获得土地使用证的。
所以，集体土地上房屋的所有权人必须是该农村集体经济组织成员；而国有土地上房屋的所有权人可以是任何人。
2、房屋买卖对象不同
因宅基地属于农民集体所有，所以集体土地上的房屋只能在集体经济组织内部买卖，像城里人到农村买房屋，是违反国家政策规定的；而国有土地上的房屋是可以卖给任何人的。
国办发〔1999〕39号、国土资发〔2004〕234号 和国办发〔2007〕71号等文件都规定，农民住宅是不可以向城市居民出售的，城市居民不能占用农民集体土地建房屋，相关的部门也不得向违法建造以及购买住宅的城市发放土地使用证和房产证。如果城里人私自跟农户进行房屋买卖，一旦遇到纠纷诉至法院，法院都会判定买卖无效。
3、房屋拆迁补偿标准不同
集体土地上房屋的拆迁补偿标准依据《土地管理法》的相关规定；而国有土地上房屋的拆迁补偿标准依据《国有土地上房屋征收与补偿条例》的相关规定。一般国有土地上房屋的补偿是高于集体土地上的房屋的。
4、可拥有房屋的套数不同
农村建房需先申请宅基地，经人民政府审核同意后才能建房。而我国《土地管理法》规定，一户只能拥有一处宅基地，所以一般情况下，每户只能拥有一处集体土地上的房屋。而国有土地上的房屋是可以拥有多处的。
虽然很多人对城里人可以“一户多宅”，而农村人只可以“一户一宅”感到很是愤慨，但因宅基地的福利性，农村“一户一宅”制度还是必须要遵循的，私自占用集体土地建房后果是很严重的，是要付出沉重的代价的。
5、土地的使用期限不同
国有土地和集体土地的使用期限是不同的。国有土地使用权分为40年、50年、70年，最长使用期限为70年；而宅基地使用权是没有使用期限的，只要按规定使用，没有改变宅基地用途等违规行为，就可以永久使用。