同工同酬与编制的区别主要有，有编制的事业单位在编人员，与单位确认的是人事关系，而不是劳动关系，所以在编人员的待遇不是按照《劳动法》调节的，而是依据《事业单位在编人员管理条例》进行调节的。有编制的岗位的入职条件更为严格一些。同工同酬是一种劳动关系，受《劳动法》调整。事业单位的工资包括基本工资、绩效工资和津贴补贴。事业单位工资分配应当结合不同行业事业单位特点，体现岗位职责、工作业绩、实际贡献等因素。
法律依据：《中华人民共和国劳动法》第四十六条 工资分配应当遵循按劳分配原则，实行同工同酬。工资水平在经济发展的基础上逐步提高。国家对工资总量实行宏观调控。
《事业单位人事管理条例》第三条 中央事业单位人事综合管理部门负责全国事业单位人事综合管理工作。县级以上地方各级事业单位人事综合管理部门负责本辖区事业单位人事综合管理工作。事业单位主管部门具体负责所属事业单位人事管理工作。
《事业单位人事管理条例》第三十二条 国家建立激励与约束相结合的事业单位工资制度。事业单位工作人员工资包括基本工资、绩效工资和津贴补贴。事业单位工资分配应当结合不同行业事业单位特点，体现岗位职责、工作业绩、实际贡献等因素。