于都县人民政府办公室内设多个职能科室，各司其职，确保政府工作的高效运行。
秘书科主要负责文电处理、会议会务、保密管理、领导活动安排审批、机关群团接待及职工服务等工作，为政府决策提供后勤支持。
综合科负责起草重要文件、政府工作报告和领导讲话稿，同时汇集乡（镇）及部门目标管理和全县经济运行数据。
信息科承担政府信息工作，包括信息查办、上报、公开、培训监督，以及政府信息化规划与建设指导。
调研科负责围绕中心工作进行深度调研，为领导决策提供依据，撰写高质量调研报告，编辑《经济运行情况分析》。
行政科负责后勤事务管理，包括机关院落维护、财务安全、机关事务管理和后勤保障。
无线电管理办公室负责无线电管理政策执行、频率审批、监测和协调全县范围内的无线电事务。
应急办公室负责应急预案建设、应急演练协调、政策法规制定、应急平台指导和重大事件应急处置协助。
法制办（含行政复议办公室）负责规范性文件起草审查、行政复议案件处理、行政执法监督和服务，提供法律咨询。
十大体系办负责政策咨询研究、全县十大体系协调服务，研究和解决经济社会发展中重大问题，为决策提供依据。
县人民政府督查室负责上级交办事项处理、政府决议执行检查、人大代表建议和政协提案督办，以及重要会议活动联络。
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