自然保护区是建立在其所包含的自然生态系统、保护管理系统与社会经济系统之上的一个综合体。对自然保护区及其保护对象进行生态评价，可以鉴别保护区的生态价值和科学意义，这是自然保护区建设和管理的一项基础工作。
9. 1. 1 生态脆弱性
脆弱性是保护区物种、群落、生境、生态系统及景观对环境变化内在的敏感程度。保护区对生态环境的变化越敏感，则标志着其脆弱性越大，稳定性越差，越需要给予足够的保护。云峰山自然保护区分布在华北地区石质山区，土层较薄，土壤较贫瘠，年降雨量 650 毫米，蒸发量 1890 毫米，少雨干旱一直是制约和影响云峰山生境的主要因素，大大降低了群落内部的复杂性，减弱了自然群落对外界干扰的缓冲能力。如受到人为影响，生态环境自身的平衡将会难以承受。此外，保护区周边还有社区人口 2 万多人，保护区内有 1299 人，不老屯镇政府所在地就有 1 万多人。社区人口之多，距保护区之近，以及日益增长的人口压力，将对保护区所保护的石质山地森林生态系统及其物种资源构成极大的威胁。一旦遭受破坏，极容易引起水土流失，造成生态环境的恶化。要想将生态系统恢复到破坏前的状态，要几十年乃至上百年的时间。由此可见，保护区内的森林生态系统和物种资源是非常脆弱的。
9. 1. 2 生物多样性
生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性，生物多样性的丰富程度是保护区保护价值的重要体现。根据资源本底调查，云峰山自然保护区内有蕨类植物 56 种，裸子植物 6 种，被子植物 826 种; 有哺乳动物 32 种，鸟类 162 种，两栖类动物 6 种，爬行类动物 10 种。作为北京市近郊地区，有如此众多的野生动植物种类，充分显示了云峰山自然保护区较为丰富的生物多样性资源。
9. 1. 3 生物稀有性
一般而言，生态系统型自然保护区的 “生物稀有性”是指物种稀有性、生境稀有性和群落稀有性。稀有性越充分，越能体现保护区的保护价值。从物种濒危程度分析，云峰山自然保护区内珍稀濒危动植物较多。根据国家颁布的珍稀濒危植物种类名单，云峰山有国家保护植物 6 种、国家 1 级保护动物 2 种、国家Ⅱ级保护动物 21 种。
从生境稀有性分析，云峰山自然保护区是多种植物区系的交汇地带，区间植物的相互渗入，形成种类繁多、组成复杂、类型多样的生境，但其生境都具有典型的暖温带特征。
9. 1. 4 典型代表性
自然保护区的代表性是典型性的反映，一般包括生物与非生物特征两个方面。自然保护区在某个气候带 ( 或地区) 越具有代表性，则保护价值就越高。云峰山自然保护区地处太行山北端，地质构造属太行山皱褶带，中低山地，自然植被属 “暖温带落叶阔叶林带”，野生动物属 “古北界—华北区—黄土高原亚区与黄淮平原亚区的过渡地带”。干旱瘠薄的土壤，典型的暖温带半湿润季风气候，形成了地带性动植物资源及其生态系统。
9. 1. 5 生态自然性
自然性是保护区受人为干扰程度的反映，自然性越高，保护区提供的本底值越能反映出自然界的真实。云峰山自然保护区具有一定的自然度，虽有少量的人工林，但是造林是出于以人工措施加速恢复天然植被为目的。人工林的树种多为乡土树种，通过人工措施恢复天然植被，使森林的生态功能愈加明显。
9. 1. 6 面积适宜性
保护区面积的大小直接影响着管理成效，特别是对于森林生态系统类自然保护区，面积小，难以满足要保护的生物物种的多样性和生态系统的多样性。云峰山自然保护区总面积 3009多公顷，虽然在我国自然保护区中属于小型自然保护区，但从生态空间上看，最低海拔200 多米，最高海拔近860 米，跨越了600 米的高差，既有低山区又有中山区，包括了不同类型的地貌单元。区域内植被与立地条件基本涵盖了地带性的各种类型，包括 3 个植被型、5 个群系、10 个群丛，森林、灌丛、草地等暖温带石质山地典型的植被群落均有出现，充分体现了生态环境的多样性。从今后的经营管理和社会经济角度看，保护区范围的确定也是较为合适的，完全可以完整保护全部对象，有效地维持和发挥云峰山森林生态系统结构和功能。