新教所代表的抗议原则和精神可以追溯到14世纪后期的一些宗教改革先行者。英国威克里夫派和罗拉德派、波希米亚的胡斯运动和意大利G.萨伏那洛拉的信徒，把改革思想的种子撒播在欧洲广大地区。16世纪20年代，马丁·路德在德国发起的宗教改革运动，迅即在整个德国形成燎原之势。在瑞士，U.茨温利和J.加尔文等的改革活动，进一步扩大和加深了新教的影响。英王亨利八世出于政治上的原因，由上而下推行宗教改革；在克兰麦的协助下，组成具有独特形式的新教教会，以摆脱教皇的管辖。到16世纪中叶，新教的三个主要宗派，即马丁·路德创立的路德宗，加尔文创立的归正宗和作为英格兰国教的安立甘宗，都已在欧洲出现，并同罗马天主教相抗衡。三大宗派在其形成的过程中，得到所在民族独立国家的世俗政权或诸侯的支持与保护。在长期复杂的“宗教战争”之后，根据随之订立的一些和约，如1555年的《奥格斯堡和约》和1648年的威斯特伐利亚和约确认的“教随国定”原则，基本上形成了新教在西欧各国分布的格局，路德宗分布于德国大部和北欧诸国,包括丹麦、挪威、瑞典、芬兰等;归正宗为瑞士、德国一部、荷兰和苏格兰；安立甘宗主要在英格兰。三大宗派的信徒人数当时占新教徒的绝大多数，因此也被称为新教的主流教派。
16世纪末到17世纪，新教的三个主要宗派在教会组织和崇拜仪式上已基本定型。对教义的表述和阐述，经过长期的争论，也逐渐形成体系。新教的理论家以欧洲一些大学为基地，热衷于编写大量的神学著作，但内容充满烦琐的争辩和考证，失去改教初期那种富有抗议精神的活力。这一时期后被称为新教经院主义时期。17世纪中叶，英格兰的清教徒运动要求以加尔文主义改革妥协保守的安立甘国教会，曾成为资产阶级革命的一面旗帜,把新教运动又推进一步,结果产生了脱离国教的一些新的独立宗派，如英格兰的长老会、公理会、浸会、公谊会等。清教徒运动后来由移民传到美洲，使新教在北美发展成为影响最广的教派。在德国，以斯彭内尔为代表的虔敬主义运动和清教徒运动相呼应，提倡人个的虔修生活和布道工作，举办慈善事业，由弗兰克等创办的哈雷大学成为德国虔敬主义的中心，对后来新教的发展有重要影响。 18世纪，资产阶级在欧洲取得全面胜利。在思想和文化上的表现，是崇尚理性、自由，对一切旧体系采取批判的态度，故称启蒙时期。这时期新教出现了一批哲学家,如德国的莱布尼兹、莱辛和康德,英国的洛克、贝克莱和休谟等。他们运用唯理主义哲学对基督教信仰和神学作了新的论证和解释。他们提倡自由思想和宽容原则，企图在信仰和理性之间作出某些调和，如英国的自然神论和广涵主义,德国的唯理主义神学,以及荷兰的阿明尼乌主义。这些都对19世纪新教神学的发展具有重大的影响。这一时期，还出现了一些新的宗派，如英国卫斯理兄弟创立的卫斯理宗。在此之前，溯源于15世纪胡斯运动的摩拉维亚弟兄会，在亲岑道夫的倡导下，又有新的发展。这些教派重视信徒的灵修生活，在组织和仪礼上较自由灵活，后传到北美，有较大的发展。
19世纪欧洲的新教，在启蒙时期唯理主义的冲击下，出现了一些新的动向，施莱尔马赫受康德批判哲学和谢林浪漫主义的影响,把宗教看作一种感情的产物,强调个人宗教经验的重要性。他被称为新教现代神学之父。稍后,在黑格尔历史哲学的哺育下,出现了一批神学家，如包尔和施特劳斯以杜宾根大学为中心，对传统信仰和早期基督教发展史作出新的解释。杜宾根学派对后来的圣经考证学的发展，曾起了很大的推动作用。里敕尔提出“回到康德”的口号，把道德价值作为捍卫基督教的法宝。在他的影响下，出现了哈那克和特劳赤等自由主义神学的巨匠。自由主义神学强调人的价值和自由，在保存道德价值的前提下,主张调和宗教和科学,信仰和理性，提倡社会改革,用改良代替革命。还有一部分人,在社会革命的浪潮中，企图把基督教的信仰和伦理思想同社会改革结合起来，如英国的摩里斯、金斯利提出了“基督教社会主义”，美国的饶申布什等提出了“社会福音”的主张。
20世纪西方世界的各种危机，特别是两次世界大战，使自由主义神学面临绝境。代之而起的是以巴特和布鲁内尔等为代表的新正统神学。它强调人的堕落和罪性，宣告历史决非人力所能扭转,人类只有通过否定自己,完全顺从上帝的旨意,用“上帝的话”作为审判的依据,才能得救。它声称这是回到路德和加尔文的正统教义，上溯到奥古斯丁和保罗的福音真谛。第二次世界大战后自由主义神学的统治地位为新正统神学所取代。另一方面，20世纪初，美国新教还出现了一股反理性主义思潮，称为基要主义，与调和信仰与理性的现代主义相抗衡。基要主义主张必须接受耶稣为童贞女所生、肉身复活、十字架代赎、基督复临和《圣经》每字每句绝对无讹等传统教义为信仰的基本要道。基要主义派的兴起使美国新教陷入长期激烈的争论，并导致一些宗派的分裂。此外，还有一些属于基要主义的派别和鼓动宗教狂热的灵恩派或奋兴派结合，曾在欧美出现“宗教复兴”，推动了传教运动的发展。第二次世界大战后，新教的传统教义和社会伦理思想，受到世俗主义、怀疑主义以及各种社会思潮和社会问题的冲击，主流派日形衰落，信徒人数逐渐减少，同时又出现许多形形色色新的小派别。20世纪初,新教的一部分教会曾发起普世教会运动,企图在基督教世界中协调关系，加强合作。东正教也表示支持。这个以世界基督教教会联合会为主要代表的运动，半个世纪来未能形成一个强大的核心。天主教和拥有大量信徒的一些新教非主流派教会，至今还没有参加。目前新教正在向多元化和世俗化发展，已显示出重新分化组合的倾向。
