南箫与尺八虽然外观相似，都是用竹子接近根部做，管径比较大，相对比较短粗，但却是两种不同的乐器。南箫主要是流行于南方闽粤与台湾地区，而相对比较瘦长的箫（通常用竹子中段部分）主要在相对靠北的江浙以及北方流行，所以被习惯上称为南箫。
1、尺八源于中国，发扬光大于日本，台湾也有不少高手，而大陆一度失传，现在虽也逐渐增多了很多爱好者，但仍比较少。最大的区别是吹口不同，南箫本质上是“箫”，吹口为内切口，而尺八的吹口是外切口，下图上面是尺八吹口，下面是箫。
2、吹口的不同决定吹奏方法的不同以及音色的差异，吹箫好的未必一上手就能吹响尺八，同样，吹尺八的未必会吹箫。尺八的外切口对气流更敏感，口风变化以及带来的音色与音效变化比箫要丰富很多，掌握熟练也更难一些。