1、天地万物（包括人在内）都是由"气"构成，"气"是一种统一的物质元素。"气"有"阴气"和"阳气"，有有形和无形，人、物的生都是"元气"的凝结，死灭则复归元气，这是个自然发生的过程。由"气"这个物质性的元素出发，《论衡》指出："天乃玉石之类"的无知的东西，万物的生长是"自然之化"。天地、万物和人，都是由同一的充塞于宇宙中的气形成，而且是在运动的过程中形成，所以，"外若有为，内实自然"。
2、人与天地、万物不同的是"知饥知寒"，"见五谷可食之，取而令之；见丝麻可衣，取而食之"。所以，人和五谷不是上天有意创造出来的，而是"气"的"自然之化"。
3、《论衡》书首先从宇宙观上否定了"天人感应"的"天"，还世界的物质性面貌。不过，《论衡》书中所描述的宇宙观，是一种自然主义的宇宙观："天地合气，物偶自生也"，"及其成与不熟，偶自然也"（《论衡·物势》篇）。所以，这种宇宙观只能是人能利用自然，辅助"自然之化"，但终究不得不听命于自然力的支配。这是古代唯物主义的最大缺陷。
4、反对"天人感应"，批判神学观点。《论衡》书针对这种荒唐之言指出："薏苡"、"燕卵"根本不能生人，龙与人也不是同类，"不相与合者，异类故也"。"天地之间，异类之物相与交接，未之有也"，"何则？异类殊性，情欲不相得也"（《论衡·奇怪》篇）。所以，要同类的东西才能交合。人都是由父母生的，帝王亦不例外，所谓"圣人更禀气于天"，乃是"虚妄之言"，不足相信。既然天、人、物三者不是同类，不能相合，那么与"符瑞"也就毫不相干了。
他的哲学思想可以概括为以下几点：
(一)"天自然无为"
王充认为天和地都是无意志的自然的物质实体，宇宙万物的运动变化和事物的生成是自然无为的结果。他认为万物是由于物质性的"气"，自然运动而生成的，"天地合气，万物自生"，生物间的相胜是因为各种生物筋力的强弱、气势的优劣和动作的巧便不同，并非天的有意安排，天不是什么有意志能祸福的人格神。
(二)"天不能故生人"
王充认为天是自然，而人也是自然的产物，"人，物也；物，亦物也"，这样就割断了天人之间的联系。他发扬了荀子?quot;明于天人之分"的唯物主义思想。他说："人不能以行感天，天亦不能随行而应人"。他认为社会的政治、道德与自然界的灾异无关，所谓"天人感应"的说法只是人们以自己的想法去比拟天的结果。
(三)神灭无鬼
王充认为人有生即有死。人所以能生，由于他有精气血脉，而"人死血脉竭，竭而精气灭，灭而形体朽，朽而成灰土，何用为鬼?"他认为人死犹如火灭，火灭为何还能有光?他对于人的精神现象给予了唯物的解释，从而否定鬼的存在，破除了"善恶报应"的迷信。
(四)今胜于古
王充反对"奉天法古"的思想，认为今人和古人相"齐"，今人与古人气禀相同，古今不异，没有根据说古人总是胜于今人，没有理由颂古非今。他认为汉比过去进步，汉在"百代之上"，因为汉在"百代"之后。这种见解与"天不变道亦不变"的思想是完全对立的。
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