消毒是指用物理的、化学的或生物学的方法杀灭或清除外环境中各种病原微生物，使之达到不至于引起疾病的数量，一般以杀灭或清除率达到90%为合格。所谓“外环境”除包括无生命的液体、气体和固体物表面外，也包括有生命的动物机体的体表和浅表体腔。兽医消毒就是在“预防为主”的前提下，为减少养殖环境中病原微生物对动物机体的侵袭，避免或控制动物疾病的发生与流行，将养殖环境、用具、动物体表或动物产品的微生物杀灭或清除掉的方法。用于杀灭外环境中病原微生物的化学药物称为消毒剂。用物理方法进行消毒的器械或能产生化学消毒剂的器械称为消毒器。
灭菌是指用物理的或化学的方法杀灭外环境中一切微生物的过程。灭菌是一个绝对的概念，是最彻底的消毒。能够杀灭外环境中一切微生物的化学物质称为灭菌剂。用物理方法灭菌的器材称为灭菌器。