法律分析：专项附加扣除申报的方式主要有两种，其一是通过扣缴义务人申报，就是指职工向担保提交个人的申报信息，单位可以直接从代扣缴软件获得员工报送的专项附加扣除信息，并从中计算出应预扣预缴的税款，最后向税务机关办理全员全额纳税申报二则是综合所得年度自行申报，是用户直接通过个人所得税APP进行申报，直接在次年办理汇算清缴。总的来说，两种申报方式各有优势，扣缴义务人申报是可以省去个人的申报流程，可以将这方面的工作交由单位去进行处理综合所得年度自行申报是需要自己去操作的，但是比较适合没有单位的自由职业者来进行纳税申报。因此两种申报方式的选择主要还是取决于用户个人的实际情况，对于自由职业者来说是没有办法通过扣缴义务人进行申报的。
法律依据：《中华人民共和国增值税暂行条例》 第一条 在中华人民共和国境内销售货物或者提供加工、修理修配劳务以及进口货物的单位和个人，为增值税的纳税人，应当依照本条例缴纳增值税。