法律分析：公司应当缴纳。公司应支付部分就算在离职的当月结束，及员工的社保公司就承办到离职的当月。之后，员工离职次月而公司停止为其缴交社保费用。如果员工应缴纳的部分已经被扣除了，那单位的部分还是得单位交。不能从员工的工资里扣单位应交部分。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》 第十条 职工应当参加基本养老保险，由用人单位和职工共同缴纳基本养老保险费。无雇工的个体工商户、未在用人单位参加基本养老保险的非全日制从业人员以及其他灵活就业人员可以参加基本养老保险，由个人缴纳基本养老保险费。公务员和参照公务员法管理的工作人员养老保险的办法由国务院规定。