1、产权年限不同
虽然房屋的使用时间没有限制，但是房屋所在的土地产权是有年限的，一般来讲，土地使用年限会分为40年、50年和70年，其中，商业用地为40年，住宅用地为70年。
2、日常生活成本不同
建在住宅用地上的房屋是属于民用住宅，而商业用地上的房屋是属于商业用房，两者的水电费征收标准不同。住宅的水电费按照民用水电的标准来收取；而商业用房的水电费都是按照商业用水、用电的标准来收取的。
3、解决户口规定不同
一般来说，商业用地的房屋是不能办理入户的，购房者购买的商业用房属于商业性质，不能解决户口问题。如果是住宅的话，根据不同地区的不同要求，只要满足一定的条件，购房者是可以解决户口问题的。
4、居住舒适度不同
一般来说，住宅用地的房屋在建设时会设置两梯三户或者四户的户型，每层楼居住的人员比较少，不会对出行造成困扰，私密性也比较好；而商业用房通常为两梯十户，甚至更多。
5、首付和贷款利率不同
对于准备贷款买房的购房者来说，购买住宅用地的房屋和商业用地的房屋首付比例和贷款利率不同，商业用房的首套房首付比例一般不低于50％，贷款利率相对也会高一些。而购买住宅的首套房首付比例通常不低于30％，但根据地区的差异，首付比例也会有所不同。
法律依据：《土地管理法》
第六十三条 土地利用总体规划、城乡规划确定为工业、商业等经营性用途，并经依法登记的集体经营性建设用地，土地所有权人可以通过出让、出租等方式交由单位或者个人使用，并应当签订书面合同，载明土地界址、面积、动工期限、使用期限、土地用途、规划条件和双方其他权利义务。
前款规定的集体经营性建设用地出让、出租等，应当经本集体经济组织成员的村民会议三分之二以上成员或者三分之二以上村民代表的同意。
通过出让等方式取得的集体经营性建设用地使用权可以转让、互换、出资、赠与或者抵押，但法律、行政法规另有规定或者土地所有权人、土地使用权人签订的书面合同另有约定的除外。
集体经营性建设用地的出租，集体建设用地使用权的出让及其最高年限、转让、互换、出资、赠与、抵押等，参照同类用途的国有建设用地执行。具体办法由国务院制定。