认知失调理论在学科中也引起很多争议。其中有两种反对的观点较有影响：一是以M·J·罗森伯格等人为代表的强化观点；二是以D·J·比姆为首的自我知觉观点。争论主要围绕着不充分合理化实验展开的。持强化观点的心理学家认为，人的态度是由人所得到的酬赏数量决定的。人喜爱一事物是因为该事物给他带来较多的酬赏。人对没有酬赏的事物自然不喜欢。这当中不存在失调感及其影响。他们批评原来的实验在方法上有问题，并且从强化原则的角度出发，重新设计实验，获取有利强化原则的证据。自我知觉论的观点是对认知失调理论的另一种批评，它接受不充分合理化实验所获得的结果，但不赞成用认知失调观点所作的解释。比姆指出，人评价自己对某事物的态度与他评价他人对该事物的态度的方式是一样的，他作为观察者，观察自己或他人的行为，以推论出自己或他人对该事物的态度。他对别人说绕线工作有趣，并得到少量的钱，这时他会从观察者的角度评价自己对绕线的态度，既然在很少好处的条件下说了此话，则自己对绕线的态度是喜爱的。反之，若是在较多好处的条件下说绕线有趣，则是自己并不喜欢绕线，只是为得到好处。这种解释也否定了失调理论。
反对意见和相应的实验证据引起了支持认知失调理论的心理学家对失调理论本身更深入更细致的研究，这些研究丰富了支持失调理论的实验证据，并且从理论上探讨了认知失调理论适用的领域和场合。由争论引起的各种研究对社会心理学的一个突出作用是，它们极大地促进了研究方法的发展和改善。反复的争论和探索终于使心理学家认识到，人的社会心理活动是极为复杂的现象，每一种理论都是对这种复杂性的探索，它们作为人的问题的理解,都有其合理的一面，也有其谬误之处。在此处适用的观点在彼处不一定适用，但它们相互之间不是完全不相容的，它们对人的问题的理解依赖于当时现象的特点和存在的条件。认知失调理论探讨人对自身活动的认识与外界事物发生过程之间的联系，强调人的行为对态度转变或持续的先行作用，这在理论上是对心理学科的一项贡献。在此之前，人们强调的是态度先于行为，有什么样的态度就有什么样的行动。但认知失调理论提醒人们注意另一方面的情况。人的行为也可以是态度改变或更加坚定的先行条件，已做出的行为引起人的内部失调感，从而发生态度的改变。这一看法对人的社会生活实践也有指导意义。
认知失调理论自身的弊端是，在语言表达上不够明确，特别是关于认知“失调”这一重要概念，始终没能给出明确的定义，只是说：两个认知因素在心理上不一致。这给进一步严格的科学研究带来困难。在有关的实验中，研究者不能用可观察的指标定义被试内部产生的认知失调感，只能假定或推测它的存在。在学科中一个好的理论不仅应能正确反映事物的规律性，而且应包含良好的证明手段，认知失调理论在后一点上是薄弱的。
80年代以来，人们对认知失调理论的讨论转向新的方面。其中较为引起重视的课题有两个：一是认知失调现象与人格的自我评价之间的联系，因为越来越多的研究表明，认知失调感的发生通常伴随着人的自我形象的改变；二是认知失调感作为一种负性的情绪，它的发生伴随着何种特有的生理唤醒状态。
