1、含义上的区别
暂付款指在资金活动过程中发生的应收或暂付的待结算款项。
暂存款是指行政单位在业务活动中发生的待结算债务。临时性暂存是指其他单位和个人存放于单位的款项，如存入的委托办事款项，不明性质的资金，按工资比例提取的职工福利费，按有关规定每年一次性提取的离退休人员特需活动费等。
2、借贷方增减上的区别
暂付款科目的借方，记暂付或应收发生数；贷方，记结算报销或收回数。借方余额反映尚未结清数。
暂存款科目的贷方，记发生暂存款增加数；借方记冲销和结算退还暂存款数；本账户贷方余额，反映尚未结算的暂存款数额。
3、核算内容上的区别
暂付款的核算内容主要是核算暂付待结算及其他应收款项，暂付款应当及时清理，不得长期挂帐，按单位或个人名称设置“暂付款明细帐”。
暂存款的核算内容较广，既包括行政单位与其他单位、所属单位发生的应付、暂收款项，又包括与本单位职工发生的临时性待结算款面；既包括行政单位在业务活动中发生的应付、暂收款项，又包括非业务活动的应付、暂收款项。本账户应按债权单位或个人名称设置明细账。
参考资料来源：百度百科-暂付款
参考资料来源：百度百科-暂存款
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