历史学家分析，其主要原因有三：
1、这是君臣之间十年积怨的总清算：
在封建王朝里，君权和相权是一对相依相克的矛盾。君权过于弱小时，需要强大的相权来支撑;而过于强大的相权，则会矮化皇室，遭到帝王的忌恨。
张居正开始辅佐神宗时，小皇帝年仅十岁，为了稳定政权，神宗母子都对张居正有所倚赖，尊重备至，言听计从。
但是，这位元辅对小皇帝管束过严，干涉过多，在他幼小的心灵里，已经开始了由亲近、尊重向着畏惧、厌恶的方向转变。这一点，过于自信的张先生并没有察觉。
张居正以严师对待学生的态度对待小皇帝，每天布置功课，如果小皇帝没有认真背诵或领会，就会遭到严厉的斥责。
但是，小皇帝逐渐长大了，成人了，开始懂得了皇上的权威和分量了。而张居正仍然把持朝政，作威作福，甚至对他的宫闱生活也说三道四，这使得神宗对张居正的态度向着仇恨方向迅速逆转。
权高震主，是为臣之大忌;张先生却是自鸣自得，浑然不觉。岂知，他所揽之权，就是神宗之皇权;张居正的高大显赫，就反衬出神宗的卑微猥琐;群臣对张居正的恭维，就是对皇上的蔑视。
成长起来的神宗必然要扳倒张居正，夺回皇权，一消这十年的积愤。即使张居正不死，这场君权和相权的斗争也将在短期爆发。
而在封建社会里，权力的天平总是向着君权倾斜，因此，张居正的覆灭和被清算是必然的。
2、这是走出张居正阴影，一展帝王雄威的大决策：
张居正死了，神宗皇帝就可以乾坤独断，一展帝王雄威了。这就是神宗皇帝充分展示他的大度，极尽哀荣地礼送张居正归山的根本原因。
但是神宗皇帝没有料到，张居正虽然走了，却是阴魂不散，自己仍然生活在他的阴影之中。每有诏令，群臣就会观望、比较，假如张先生在，将会怎样决策；
每有行事，神宗皇帝也会自我掂量，假如张先生在，将会怎样评判。张先生的阴影仍然高高地悬立在朝堂之上，俯视着神宗，使他自卑，自疑，猥琐，狼狈不堪。
他的自尊心、虚荣心受到极大的创伤，与此同时，他的逆反心理、仇恨心理也开始极度膨胀。他愤慨，激昂，烈火中烧，不能自已，就像咆哮在火山之下的岩浆，必欲冲破压顶的山石，一吐胸中之块垒而后快。
最初，他用温和的手段割舍他的“大伴”，他感受到了一种无羁无绊的轻松，独来独往的愉悦，以及隐秘于心灵深处的邪恶的复仇的快感。这使他惊奇，震动，也受到启发和诱惑。
于是，他决心粉碎这座高立于庙堂之上的偶像，搬掉压抑在他心灵之中的块垒，扫荡笼罩在他头顶之上的阴影。
3、神宗的贪财好利，也推动了清算的进程：
《明史纪事本末》中记叙了明神宗查抄张居正荆州老宅之前与皇太后的一段对话。
这一年，神宗的同母弟潞王已年满十六岁，该议婚了，可操办婚礼的银子还有一多半没有着落，慈圣皇太后一想到此事，就感到烦心。
神宗听了，满不在乎地说：“这事您别着急，我有办法!现在朝中的这些官儿们都无耻极了，他们一定是看冯公公、张太师权大，把好多钱财珠宝都作为礼物存放在这两家了。”
扩展资料：
张居正任内阁首辅十年，实行一系列改革措施，从军事、政治、经济等方面进行整顿，尤重于经济的改革，企图扭转嘉靖、隆庆以来政治腐败、边防松弛和民穷财竭的局面。
财政上，清仗田地、推行“一条鞭法”，总括赋、役，皆以银缴，"太仓粟可支十年，周寺积金， 至四百余万"；
军事上，任用戚继光、李成梁等名将镇北边，用凌云翼、殷正茂等平定西南叛乱；吏治上，实行综核名实，采取“考成法”考核各级官吏。
经过这次改革，强化了中央集权的封建国家机器，基本上实现了“法之必行”、“言之必效”，使明政府的财政收入有了显著的增加，社会经济有所恢复和发展。
国库积银达六七百万两之多，储备的粮食多达1300多万石，足够支用十年。比起嘉靖年间国库存粮不够一年用的情况，是一个很大的进步。
这就使得十分腐败的明朝政治，有了转机。
参考资料来源：人民网——张居正死后为何会被抄家:皇帝贪财想从中捞钱
张居正是中国古代比较知名的政治人物，明朝万历年间，官至内阁首辅，权倾朝野，在任期间推行一条鞭法，使明朝的经济得到极大提升。但因为平时生活放纵，身体过度透支，年仅五十余就去世了。他死后万历收回了对他的一切封赏，几呼从坟里拉出来鞭尸。为什么一代权臣，最终落的如此下场呢，我们试分析之。
张居正
万历皇帝少年继位，李娘娘在后宫垂帘，通过大太监冯保和内阁首辅张居正掌控朝堂，李娘娘和冯保，对张居正都特别信任，所以张的权势，按他自己的话说“吾非辅，乃摄也”，就是说，我不是首辅，是摄政，可见其猖狂。整个内阁四五名辅臣，全成了他的提线木偶，只能跟在他后面唯唯诺诺，权势的过度集中，让张居正的心开始膨胀。这种膨胀，特别是面对万历皇帝的时候也毫不掩饰，为他以后被清算埋下了伏笔。
万历皇帝因为年幼，需要学习，张居正做了万历的老师，在教育万历的时候，从来都是不假言辞，非常严厉。比如万历吃饭的时候，多吃了几块肉，张居正即大加批评，让万历从小节约，外面百姓都吃不上饭之类的。万历和宫女调笑一下，张居正也会非常严厉，要求万历做君子，不能喜好渔色。可想而知，年幼的万历皇帝，非常害怕张居正，在万历登基前期，他对张居正也是非常敬重的，但是，随着万历年龄的增加，特别是，当他知道，张居正每天吃饭，山珍海参必不可少，府中光姬妾就有数十人之多的时候，他心中对张的憎恶之感与日俱增。
张居正和李太后
张居正为了权势，挑战了整个文官集团的底线，天下很多官员表面对其言听计从，内心深处其实很不耻其为人，具体表现在夺情事件上。张的父亲，年龄太老而去世，这在当时，不管你身居何位，父母去世，必须要丁忧三年，就是说，这三年，必须在家闲居，给父母守心丧。这是中国儒家共同遵守的一个孝道。而张居正为了官位权势，自己安排策划了一出夺情的好戏，他一面给皇帝上折子说是要丁忧，他手下那些小弟们，一面也给皇帝上折子，请求皇帝夺情起复，最终李娘娘拍板，夺情。所以张居正父亲去世，他没有守丧，反而继续做官，这让同是儒家的其他文官们，非常不耻。
张居正和李太后
张居正去世之后，万历皇帝经过一系列手段，终于正式亲政，手中有了真正皇帝的权力，这个时候，再想起之前张居正的种种所为，万历非常生气，直接下诏，剥夺了张居正的一切封赏，圣旨中有一句话“谓当剖棺戮死而姑免之”，就是说，论起你的罪，应该从坟里拉出来鞭尸，但暂且免了。而张的家族，几个儿子，全被发往偏远地方戍边。一代权臣，最终下场实在堪怜。
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