航站楼采用“上离下到”模式
航站楼外形酷似“蝠鲼”，像海中跃起的飞鱼，在平面构型上可分为主楼、翼廊和指廊三大部分，主要设地面四层，地下一层。概括而言，新航站楼内采取“上离下到”模式，旅客值机、候机、抵达分层进行。
候机区内，儿童游乐设施、卫生间母婴室、盲道等人性化便民设置一应齐全。航站楼范围内还增添了几百部可以免费拨打市内电话的电话设施，市民可享受3分钟的免费通话。深圳机场集团在2013年11月28日的发布会上还表示，下一步将在航站楼投入巨资建立一套可同时满足2000至3000名旅客的WIFI系统，推动更多个性化的信息服务。
国内安检也分布在地面四层。而国际及港澳台地区的安检区、国内国际候机区，都在地面三层进行。
到达则主要分布在地面一、二层。其中国内旅客到达在地面二层，国际旅客到达在地面一层。远机位候机区主要分布在十字指廓和主楼的东翼廊，其中国内在十字指廊，国际在东翼廊。如果登机口在十字指廊的顶端，安检后则需要快速步行，至少10余分钟。
航站楼各层功能
四层：1、办理乘机手续；2、国内出港安全检查；3、行李打包；4、行李寄存及失物招领；5、超大行李托运
八个值机岛
A值机岛——南航国内航班值机区
B值机岛——1-12号为南航国内航班值机区；13-24号为春秋航、海航、川航、厦航、成都、西部航空团队柜台值机区
C值机岛——海航、川航、厦航、成都、西部航空旅客值机区
D值机岛和E值机岛——国际航班（深航、南航、国航、华航、立 荣、亚航、虎航、胜安、大韩、韩亚航空）值机区
F值机岛——东方航、上海航、联合航空、吉祥航空、奥凯航空、 河北航空、山东航空、西藏航空旅客的值机区
G值机岛和H值机岛——深航、国航国内航班
三层：国际（地区）航班出发联检（主楼）；国内航班候机区;国际航班候机区（东翼廊）
二层：国内旅客到达;国内航班行李提取；国内迎客区
一层：国际联检大厅;国际行李提取厅；国际到达迎客厅;国内远机位候机区（十字指廊）；国际远机位候机区(东翼廊)
负一层：地铁11号线深港快线（预留）；航站楼捷运系统（预留）
