商鞅是限制商人而非取消商业。禁末并非禁商，这在商鞅的其他言行中也可得到证明。他说过“农商官三者，国之常官也，农少商多，贵人贫商贫农贫。三官贫必削。（去强。商鞅后学所记的《弱民》篇也有类似的话，也反映了商鞅的思想），承认商业也是社会的一种职业分工，懂得真正弄到商人穷极无聊，国家也会削弱。可见他对商业的客观作用并未一笔抹煞。商鞅变法中还有一个措施，就是统一度量衡，平斗桶权衡丈尺（《商君列传》），这也有利于正常的商品交换，所以其作用还不仅在于取消各领主的“家量”后有一个统一的标准，便于收税，便于统一禄制度而已。商鞅本人明白地说过“夫释权衡而断轻重，废尺寸而意长短，虽察商贾不用，为其不必也。（《商君书修权》，不必是不准确之意）他是有意识地把统一度量衡作为方便商贾从事正常商品流通的条件的。
如果他要否定商业，那为什么又要为商人干这件好事呢？尽管商鞅并没有厌恶商业，达到必须取消之而后快的程度，但是在他的心目中商业的份量毕竟是不能与他极端重视的农业相比的，重农业轻商业的倾向是很明确的。在商鞅看来，只有农业才是生产性的，才能创造财富。治国必须作壹壹之农（《农战》），除此以外，都不能找到增加财富的源泉。商鞅更认为商人是白吃饭的，工商游食之徒增多，只能使农“殆国“危《农战》，而于富国无益。重农业轻商业正也含有重生产轻流通的意思。与商鞅轻商业轻流通有连带关系的是，他对货币的作用的认识也不甚了了。他认为金生而粟死，粟死而金生。金一两生于境内，粟十二石死于外；粟十二石生于境内，金一两死于境外”。国好生金于境内，则全两死，仓府两虚国弱；国好生于境内，则金两生，仓两实，国强（去强》）。
他把黄金（货币）与粮食看成是完全排斥的。他重物而轻币的观点很突出。在这种思想支配下，他只注意了控制山泽之利和控制商业，而没有去注意该如何控制货币的铸造和发行。直到他死后第三年，秦国才开始由国家专铸货币，把铸钱权的统一作为进一步强化秦国中央政权的措施，这件事可证商鞅当政二十年，秦国的商品货币经济还是不很发达的。商鞅的不重视货币与他的不重视商业的思想相表里，都为秦国原先商品经济落后的状况所决定，但反过来这也延缓了秦国商业向前作更大的发展。商鞅这个经济改革家，其经济观点也有肤浅和模糊之处。由于商鞅对农业和工商业有不同的看法，所以他对两者也就采取不同的政策。可以说，商鞅的政策是对农业宽，对工商业严。商鞅大力扶植小农经济，给予种种奖励和优惠，让农民富起来，甚至允许多开荒多占地，从法律上允许土地买卖产生地主，政策是放得很宽了。
至于工商业则由国家控制山泽，垄断粮食贸易，重征商税，控制工商人口，凡此种种，未闻鼓励，但见限制，管得是够严的。商鞅的由国家来干预经济、加强经济上的中央集权的思想，具体就表现在工商业这一方面经济干涉政策（工商业）和一定范围内（农业）的经济开放政策相结合，有严有宽，商鞅办事并不太绝对化。“公作则迟，有所匿其力也；分地则速，无所匿迟也（吕氏春秋·审分》）。商鞅相秦，对农业放宽政策，主要分地给个体农民自己去种（“私作”），对于生产力的发展是有促进作用的。如果仍由官府紧抓土地不放，役使奴隶、依附农民去搞公作，劳动生产率不高，反而不利于农业的发展。在农业上当时是宽比严好。重农优农宽农，农业的稳步发展，是秦国经济上富、军事上强的真正的物质基础；工商业政策都服从于发展农业这个目标。
对后者的严正是便于把前者搞活。对工商业当时应该是严比宽好。如果不把工商业管严管好，放任商人自由地去坑害农民，破坏好不容易才扶植起来的小农经济，在秦国当时的条件下，这样作是反而会阻碍农业生产的发展的，其坏处固不仅仅是利权下移，影响国家的经济收入而已。商鞅的对农业宽、工商业严的政策比较适合时宜，和他的轻商业、轻流通、轻货币的模糊观点是两回事情。主张对工商业进行严格管制的人，也可以有重视商业、重视流通、重视货币的思想，甚至工商业在他手中也可以有一个很大的发展。主要是官营商业的发展，私营商业也有发展但只占辅助地位。如管仲就是这样的。商鞅与管仲不同，在发展正常的商品流通的问题上，可能偏于过分谨慎了，这是他的不足之处；有些管得太死的作法（如取消粮食的集市贸易。即可能与他轻流通的思想有关不过，总的看来，比之先前，秦国的工商业（主要是官营的工商业）还是有一定的发展的，商鞅对工商业的政策积极的一面还是主要的。
它既比较适当地处理了农商关系保证了农商各业人口比例的合理性，稳定并增加了农业劳动力，有利于农业生产的发展；又比较适当地处理了官私（私商）关系，保证了工商山泽之利大部分由国家来掌握，限制并防止了私人商业过度地发展，减轻了农民受自商人的剥削。农战方针，如果没有适当的工商业政策与之配合，也就难以得到很好的贯彻。单靠农业上的放宽政策，而工商业政策不对头，秦国要富强起来也是成问题的。总之，实行抑商政策，有利于保护农民，扶植小农经济的成长，在当时的秦国是起着进步作用的。过去管仲思想上重视物质生产、重视人们的经济利益把利作为道德规范的基础。商鞅这位法家，同样也重利，以“自利”为人的本性。《商君书算地》说:“民之求利，失礼之法；求名，失性之常。又说名利之所凑，则民道之。
故民生则计利，死则虑名。这话表达了商鞅的思想。而且商鞅更为激进，除经济利益外，根本蔑视任何道德规范，竟以仁义为六之一，而不象管仲那样还讲讲德义礼节。不过，商鞅言利也并不完全放任人们在自观念的驱动下自由地去进行经济活动。他有一个特点是利用人们求利避害的“自利”动机充分施展封建统治者手中掌握的法与禁的权力，来达到其政治统御的目的。他通过政治权力，有意识地把人们对经济利益的追求，纳入国家干预、指导的轨道，使之为国家的最高利益服务。厚赏是使人愿意出力卖命，重罚是让人不敢违法触禁。尊农重战方针的贯彻，抑商禁末政策的推行，就是在晓以利害的情况下，以赏罚为有力的杠杆的。
管仲虽也主张法治，主张“顺民之所欲”，也要求指导人们避害就利，做到“财多而过寡，但还没有象商鞅那样把人之所求（利）所避（害）与赏罚鲜明地相联系，而有一大套具体的作法。以赏为饵，驱民以利是商鞅的发展。商鞅的看法与作法尽管有偏激之处，但实际上还是有助于促进秦国的富强的。
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